黄条鰤(yellowtail kingfish,Seriola lalandi),属于鲈形目(Perciformes),鲹科(Carangidae),鰤属(Seriola),俗称“黄犍牛”、“黄金鲅”,是一种全球大洋水域中上水层分布的具有洄游特性的重要经济鱼类,适宜深水抗风浪网箱养殖。目前,国际上日本、韩国、澳大利亚、新西兰、智利、美国等国家纷纷开展了黄条鰤养殖,但养殖规模不大,养殖产量无法满足国际市场需求。我国自2012年以来开始采捕野生苗种用于养殖,2017年黄海水产研究所突破了黄条鰤苗种繁育技术,为我国黄条鰤养殖产业的发展提供了优质种苗保障。为了推动我国黄条鰤养殖产业的健康持续发展,有必要对其种质资源进行鉴别、监测和保护性利用,以保持养殖群体遗传多样性和良好的生产性状。本研究以黄条鰤为研究对象,运用简化基因组测序技术首次对我国黄条鰤群体遗传特性进行了研究,开发了黄条鰤高质量的SNP分子标记;对中国野生群体、养殖群体、日本群体以及澳大利亚野生群体、养殖群体五个黄条鰤群体开展群体遗传学分析;根据筛选的SNP位点,使用全基因组关联分析,筛选出与黄条鰤生长性状相关的SNP位点。研究结果可为我国黄条鰤自然资源管理策略制定、种质资源科学保护、国际水域自然资源配置以及良种选育等提供理论和技术依据。1.黄条鰤SNP分子标记筛选与鉴定在本研究中,我们使用2b-RAD测序方法首次从33个中国野生黄条鰤个体中开发了SNP标记并进行了特征分析。其中,通过高通量测序和严格的SNP筛选过程,获得了100个高质量的SNP标记。这些SNP的小等位基因频率(MAF)从0.0126到0.4957不等。观测杂合度为0～0.9914,期望杂合度为0.0249～0.5000。近交系数为-0.9828～0.7882。在这些SNP中,有10个位点经Bonferroni校正后显著偏离Hardy-Weinberg平衡。这些新的SNP标记将为黄条鰤种群遗传学评价和自然资源保护提供有价值的工具。2.中国黄条鰤群体遗传结构与多样性研究为了认识我国黄条鰤的群体遗传结构、进化地位及遗传分化情况,采集了来自中国(野生和养殖群体)、日本(野生群体)和澳大利亚(野生和养殖群体)的5个群体共143尾黄条鰤样品,首次利用2b-RAD简化基因组测序技术进行了我国与国际水域黄条鰤群体遗传特性的比较研究。测序结果表明:每个样品的平均Unique标签数目为287594,平均测序深度为27.13×,共分型得到48710个SNP位点。基于SNP标记的多态性分析显示5个群体总体观测杂合度小于期望杂合度,群体内不存在远交,群体达到了遗传平衡且具有较高的多样性水平,澳大利亚黄条鰤群体的多样性高于中国和日本群体。中国与日本群体间Fst值为0.01932-0.02466,DR值0.019-0.025,表明不存在遗传分化,而与澳大利亚群体呈现极显著的遗传分化(Fst值范围0.7307-0.7443)和较远的遗传距离(DR值范围1.3119-1.3638)。群体遗传结构、主成分分析、系统进化分析都表明5个黄条鰤群体起源于两个不同的祖先,其中中国与日本群体聚为一个分支,具有共同的祖先起源,而澳大利亚群体单独聚为一个分支,具有不同的进化起源。进一步,基因流分析也表明中国与日本群体存在频繁的较高水平的基因交流,而中国、日本群体均与澳大利亚群体间不存在基因交流。中国、澳大利亚的养殖群体和野生群体之间均发生了遗传分化,且随着人工养殖世代的增加遗传分化具有增大的趋势,提示加强种质资源可持续利用研究的重要性。本研究明确了中国黄条鰤群体与日本群体同属于一个进化分支,而与澳大利亚群体之间具有较大的遗传分化和遗传距离。研究结果填补了中国黄条鰤种群遗传背景的空白,为我国黄条鰤国际进化地位、种质资源保护与可持续利用以及自然资源判别等提供理论与技术支撑。3.黄条鰤生长性状全基因组关联分析利用2b-RAD技术对119尾黄条鰤个体进行测序,共获得黄条鰤SNP分子标记26665个,对黄条鰤个体的体质量和全长两个重要生长性状进行全基因组关联分析,筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果表明,黄条鰤体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点,找到17个可能的候选基因,全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点,找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程,可能是影响黄条鰤生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因,结果可为今后黄条鰤种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。