建设项目全过程跟踪审计是审计机构以国家的法律、法规等为依据，运用现代审计方法对建设项目决策、设计、招投标、施工、竣工验收及结(决)算等全过程的技术经济活动和固定资产形成过程中的财政、财务收支的真实性、合法性和有效性进行审计监督和评价，维护国家、业主及相关单位的合法权益，有效控制和如实反映工程造价，促进管理和廉政建设，提高投资效益。目前跟踪审计工作在工程建设投资领域的应用还处于发展的初期阶段，审计制度相对滞后，没有系统的规章制度和可操作性强的指导性意见或业务指南，审计人员也难以对建设项目做出共性的判断和评价，各个审计主管部门也都根据自身的业务能力、管理水平在各自的工程领域发挥着不同的作用。基于这种现状，本文在广泛阅读国内外文献和总结多年的审计工作实践的基础上，对建设项目全过程跟踪审计的方法和应用进行了较为详细的探讨。主要内容包括：通过审计理论体系的建立，指出审计理论是审计实践的生命载体，完成了审计实践和审计理论的有效衔接。针对建设项目各阶段(设计、招投标、合同签订、材料供应、施工、结算等阶段)特点，对建设项目不同阶段的跟踪审计进行了因素分析，确定跟踪审计的宽度和厚度，论述各阶段跟踪审计管理要求和审计方法，明确工程建设全过程跟踪审计的基本流程，以及跟踪审计管理模式应遵循的原则，明确了各阶段跟踪审计的控制要点以及控制方法，完善和深化了审计理论，规范了跟踪审计制度，使审计工作进一步规范化、制度化、科学化，以达到规范跟踪审计行为，指导审计实践活动的目的。审计风险是工程本身的复杂性和高校内部审计机构的自身特点所决定的。重视跟踪审计的风险性管理，充分发挥主观能动性，开展对风险的管理与控制活动，通过对风险事件的控制来达到进一步完善跟踪审计理论和实践的目的。