背景与目的:随着抗生素的不断使用,细菌的耐药性不断增加,出现了耐药菌株。细菌的耐药机制主要分为固有耐药和获得性耐药,固有耐药是由细菌的基因决定的,获得性耐药是指细菌在接触抗生素压力作用后,通过基因水平将外在的耐药性基因整合到自身的基因组中,改变原有的代谢途径,使自身产生抵抗抗生素或抗菌药物的能力。作为细菌基因组中可移动的DNA片段,整合子可以识别和捕获来自外在环境中的基因,通过位点特异性重组机制,将多个耐药性基因拼装在一起,并使耐药基因盒表达。整合子的基本结构由保守核心区和可变区组成,核心区主要是编码DNA整合酶基因,可变区编码的是耐药性基因盒,耐药基因的表达受到启动子的影响。临床上细菌常见的整合子为第1类整合子和第2类整合子,第1类整合子与抗生素耐药性关联最密切,第2类整合子的内部因含有终止密码子,不能完整表达整合酶蛋白,故被认为是有缺陷的整合子,但是有研究发现部分的第2类整合子整合酶基因受到外界的影响时,原先的终止密码子（TAA）会转变为谷氨酰胺密码子（CAA）,使得原本不会表达整合酶的基因具有剪切与整合基因盒的能力,该类整合子称为功能性第2类整合子,对于其临床分布、耐药机制、可变区结构、启动子种类和同源性需要我们进一步的研究。研究方法:1.用WHONET5.6软件,对我院临床分离的常见细菌的各项基本数据进行回顾性分析（2016年1月至2018年12月）,以了解我院常见临床菌株的分布及来源。2.用PCR技术对临床分离的550株常见菌株（奇异变形杆菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯杆菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、葡萄球菌、肠球菌）第1类、第2类和第3类整合子进行筛查,以了解整合子的分布情况,并对第2类整合子阳性菌株的整合酶进行测序,用以明确功能性第2类整合子。3.对筛查出阳性整合子菌株的可变区进行扩增并且测序,明确可变区耐药基因并分析其与临床菌株的耐药关系。4.对第2类整合子阳性菌株的可变区启动子Pc进行扩增测序,明确功能性和非功能性第2类整合子启动子的种类及排列方式。5.采用ERIC-PCR的方法,对第2类整合子阳性菌株进行同源性分析,以探讨其组间分布及来源。研究结果:1.临床细菌整合子主要以第1类整合子和第2类整合子为主,未筛查到第3类整合子,在奇异变形杆菌中筛查到3株功能性第2类整合子阳性菌株。2.整合子阳性菌株中,可变区主要以Dfr A和Aad A耐药基因为主,能够对甲氧氨苄类和氨基糖苷类药物产生耐药性,对部分抗菌药物耐药性明显高于整合子阴性菌株,第1类整合子和第2类整合子同时阳性的菌株对携带耐药基因相关抗菌药物的耐药率明显高于携带单一整合子的菌株。在功能性第2类整合子阳性菌株中,可变区耐药基因盒与非功能性第2类整合子菌株相同。3.第2类整合子阳性菌株的启动子Pc位于重组位点att I2处,主要分为4种Pc启动子序列,分别为Pc2D、Pc2A、Pc2B和Pc2C且高度保守;功能性第2类整合子阳性菌株中att I2和Pc启动子序列无差异。4.对第2类整合子阳性菌株进行ERIC-PCR基因分型后,结果发现同源性较高,主要以ICU等科室为主。结论:功能性第2类整合子主要集中在奇异变形杆菌中,分离率较低,其可变区耐药基因盒主要是dfr A1-sat2-aad A1,所介导的耐药性要低于第1类整合子,启动子Pc位于重组位点（att I）处且序列高度保守。第2类整合子同源性分析发现本次实验菌株存在着院内克隆现象,其中功能性与非功能性第2类整合子存在着同源现象,其终止密码子的突变可以理解为自然选择的结果。