洋葱(Allium capa L.)是二年生草本植物,染色体数为2n=2x=16,是典型的异花授粉作物。目前,洋葱基因组方面的信息还不是很完善。本研究中,对洋葱鳞茎、根和叶片3个不同组织中基因的差异表达进行了分析。通过Illumina HiseqTM 2000平台测序得到初始序列,过滤后共有42 683 250 060个核苷酸碱基(nt)进行转录组从头组装。最终获得106932个Unigene,总长度为84 940 057 nt,平均长度为794 nt,N50达到了1240nt。将序列比对到数据库NR、KEGG和COG中分别注释到52197、31383和20498个,有36536个Unigene在GO上得到注释,主要分为生物过程,分子功能和细胞组分3类。所有注释上的Unigene有55017个。以组装出的Unigene作为参考序列,通过SSR分析,得到5959个SSR。另外,还得到了每个样品的SNP位点并进行了分析。通过比对蛋白数据库和ESTScan预测得到了56522个CDS。通过研究,获得了大量注释的Unigene、SSR以及SNP的信息,不同组织间差异性表达明显,对洋葱的育种和遗传研究有重要意义。以33份洋葱品种为试验材料,利用cob和orfA501两个分子标记相结合的方法对雄性不育细胞质类型进行鉴定。研究表明,33个品种中有15个品种为T型不育胞质,8个品种为S型不育胞质,10个品种为N型可育胞质。对洋葱的雄性不育系选育提供了重要依据。