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文昌鱼（Amphioxus）是在进化地位上处于无脊椎动物与脊柱动物之间的中间过渡物种，是新兴的模式动物之一。厦门刘五店曾是世界上著名的具有渔业捕捞价值的文昌鱼产地，但是由于生境破坏、环境污染和捕捞过度的原因，文昌鱼的资源量急剧下降，已被列为国家二级保护动物。为了给厦门文昌鱼（Branchiostoma belcheri Gray）的遗传保护提供分子水平上的理论依据，本研究运用微卫星标记技术和mtDNA12S rRNA、COII、COIII标记技术分析文昌鱼基因频率的分布、遗传多样性、遗传分化等群体遗传学方面的内容。同时，根据以上分析确定文昌鱼的进化显著单元（ESU）和管理单元（MU），进一步完善文昌鱼在保护遗传学方面的研究，以期为厦门文昌鱼保护策略的制定提供依据和建议。本研究采用FIASCO法筛选出了8对文昌鱼微卫星多态性引物，并对文昌鱼4个群体（大嶝岛水域群体、南线至十八线东端群体、南线至十八线西端群体、黄厝水域群体）的遗传多样性和遗传分化进行了分析；运用mtDNA12S rRNA、COII、COIII标记，分析了文昌鱼4个群体的序列特征、群体遗传多样性和遗传变异，并进行了分子中性进化检验。（1）采用FIASCO法，利用bio-(GT)15、bio-(CT)15的混合探针构建文昌鱼(CA)n、(GA)n微卫星文库。挑取100个片段长度为300-1200bp的克隆振荡培养并测序，经过序列筛选，设计了41对微卫星引物。以30个文昌鱼个体对多态性微卫星位点进行评价，共检测出8对多态性引物，其等位基因数为3-10个，多态信息含量（PIC）为0.279-0.847，观察杂合度为0.1667-0.9333，期望杂合度为0.3100-0.8617。位点多态性分析结果显示，除位点Brb8（PIC：0.347）、Brb90（PIC：0.279）为中度多态外，其余6个位点均大于0.56，具有高度多态性，适合进行种群遗传学研究。（2）利用自行筛选的8对微卫星引物和援引3对青岛文昌鱼引物，对4个文昌鱼群体的遗传结构进行研究，分析了各群体内的遗传多样性和群体间的遗传分化。文昌鱼4个群体的平均每位点等位基因数（A）介于4.6364-5.4545之间，平均为5.0682；平均每位点有效等位基因数（Ae）介于2.3138-2.8661之间，平均为2.5111；观察杂合度在0.3966-0.4839之间，平均为0.4497；期望杂合度在0.5045-0.5699之间，平均为0.5315，多态信息含量介于0.4587-0.5404之间，平均为0.4936。在总体水平上，文昌鱼的平均每位点等位基因数（A）、平均每位点有效等位基因数（Ae）、观察杂合度（Ho）、期望杂合度（He）分别为6.3636、2.6405、0.4494、0.5493。文昌鱼4个群体间的遗传距离（D）介于0.0388-0.0709之间，平均为0.0522；遗传相似度介于0.9315-0.9619之间，平均为0.9492。4个群体的群体间的遗传分化系数（FST）为0.0329，基因流（Nm）为7.3448。聚类分析显示，南线至十八线东端群体和大嶝岛水域群体亲缘关系较近，聚为一支；南线至十八线西端群体和黄厝水域群体亲缘关系较近，聚为一支。（3）mtDNA12S rRNA研究结果认为，四个文昌鱼群体的23个个体中共发现30个变异位点，其中包含3个碱基插入/缺失位点和27个多态位点，共定义了23种单倍型。23个个体的平均核苷酸差异数为3.285，核苷酸多样性指数为0.00515。在群体水平上，平均核苷酸差异数介于2.600-3.733，核苷酸多样性指数介于0.00408-0.00585，单倍型多样性指数均为1.000。文昌鱼4个群体间的遗传距离为0.0042-0.0049，平均为0.0046。分子变异AMOVA分析显示，文昌鱼群体之间无显著的遗传分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验均表明文昌鱼群体极显著地偏离中性。（4）mtDNACOII研究结果认为，四个文昌鱼群体的22个个体中共发现39个多态位点，包括38个碱基转换位点和1个碱基颠换位点，共定义了21种单倍型。22个个体的平均核苷酸差异数为5.745，核苷酸多样性指数为0.00831，单倍型多样性指数为0.996。在群体水平上，平均核苷酸差异数介于4.133-7.500，核苷酸多样性指数介于0.00598-0.01085，单倍型多样性指数为1.000。文昌鱼4个群体间的遗传距离为0.0067-0.0106，平均为0.0084。分子变异AMOVA分析显示，文昌鱼群体之间无显著的遗传分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验均表明文昌鱼群体显著地偏离中性。（5）mtDNA COIII研究结果认为，四个文昌鱼群体的23个个体中共发现56个多态位点，包括52个碱基转换位点和4个碱基颠换位点，共定义了22种单倍型。23个个体的平均核苷酸差异数为6.656，核苷酸多样性指数为0.00844，单倍型多样性指数为0.996。在群体水平上，平均核苷酸差异数介于3.867-9.733，核苷酸多样性指数介于0.00490-0.01234，单倍型多样性指数均为1.000。文昌鱼4个群体间的遗传距离为0.0062-0.0110，平均为0.0085。分子变异AMOVA分析显示，文昌鱼群体之间无显著的遗传分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验均表明文昌鱼群体显著地偏离中性。结合以上四项技术分析结果认为，文昌鱼的遗传多样性水平处在中等水平，并未出现明显的遗传分化。应及时保护文昌鱼群体的遗传多样性。本研究综合文昌鱼的遗传结构分析、资源状况和栖息地环境等方面，提出了六项文昌鱼资源保护策略，并建议将大嶝岛附近的海域纳入现有的文昌鱼保护区。