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本论文的目的是对采集自中国七个不同地区及北美地区的盐芥居群进行分子标记研究与分析，利用SSR及RAPD两种分子标记技术分析其遗传多样性，为盐芥遗传图谱的构建做好前期工作。本文采用RAPD技术分析了盐芥居群的遗传多样性，从400余个随机引物中筛选出了23个扩增性强、重复性好、带型明显、多态性高的引物对盐芥居群进行分析。扩增结果显示盐芥居群样品间具有丰富的多态性，共扩增出138条带。其中，多态性带有108条，占总带数的78.26％(P=78.26％)，每个引物扩增的DNA带数在4～13条之间，平均为6条，扩增出的DNA带大小在220～2020bp之间。利用POPGENE1.31软件分析数据，结果表明8个盐芥居群存在着一定的差异，其中东营居群的变异性最大(P=82.34％)，而北美居群的变异性最小(P=76.67％)。计算出遗传距离矩阵并得到了聚类分析图，东营居群和齐河居群的遗传距离最小(0.0077)，北美居群和江苏居群的遗传距离最大(0.0943)。本文还对盐芥居群进行了SSR标记分析，从50对引物中选出21对带型清晰，重复性好，稳定性高，多态性高的SSR引物用于盐芥居群的SSR分析，占筛选引物总数的42％。扩增结果显示盐芥居群不同位点间，等位基因数与等位基因频率变化较大，平均等位基因数为2.62个，有效等位基因数最多的位点是nga126(3.6395)，最少的位点是nga151(1.3740)，其等位基因频率变化幅度为0.0125～0.8375。在我们所研究的21个位点上，多态位点百分率达到了100％，这说明研究的盐芥8个居群80个个体之间存在着较大的遗传变异，SSR标记在盐芥居群中有很高的遗传多态性。综合盐芥居群的RAPD和SSR标记分析的结果可得出如下结论：盐芥居群具有较高的遗传多样性，不同的生境导致了盐芥居群发生分化。