序列比对是生物信息学的基础，通过在比对中获得大量的序列信息，可以推断基因的结构、功能和进化关系。 蚁群算法是一种新型的模拟进化算法，它通过模拟蚁群在觅食过程中寻找最短路径的方法来求解优化问题，目前在旅行商问题等组合优化问题中有成功的应用。 本文在分析了国内外序列比对算法的发展状况的基础上，将蚁群算法应用于序列比对，针对序列比对的特点进行改进，提出了基于蚁群算法的序列比对算法，并应用该算法进行DNA序列和蛋白质序列的比对，通过实验证明了该算法的可行性和有效性。 根据蚁群算法易于陷入局部最优解的缺陷，本文提出了一种改进算法，它根据人工蚂蚁搜索到的解，自适应地调整信息素的增量，使得算法不易陷入局部最优解，扩大了搜索空间，增大了收敛到全局最优解的可能性。实验结果表明改进算法可以明显改善比对效果。