厦门文昌鱼自然保护区于1991年经厦门市政府批准建立,2000年4月,厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区在厦门文昌鱼、白鹭和中华白海豚三个保护区的基础上经国务院办公厅正式批准设立,总面积33088 hm2。自从厦门文昌鱼自然保护区建立以来,文昌鱼资源量和文昌鱼保护区的生态环境现状一直受到政府和学者的关注和监测,与历史资料对比,潮下带文昌鱼资源量减少。由于对文昌鱼及其它大型底栖动物的采样站位、频率、方法不同,文昌鱼保护区的生态环境现状只能定性描述。本研究于2014年夏季(2014年8月),秋季(2014年10月),2015年冬季(2015年1月),春季(2015年5月),2015年夏季(2015年8月),2016年夏季(2016年7月)在厦门文昌鱼自然保护区的黄厝和南线十八线海区进行了 6个航次的采样调查,运用了多种生物指数(其中AMBI和M-AMBI两种生物指数在砂质沉积环境极少运用)评价文昌鱼保护区生态环境状况,分析了文昌鱼种群参数和大型底栖动物群落参数与环境因子之间的关系,比较了耙式采样器和抓斗式采泥器两种采样方式的调查结果。研究结果可以为厦门文昌鱼自然保护区的精准管理和保护提供参考依据。研究结果如下:(1)6个航次共获得文昌鱼1458 ind.,它们呈早期体长增加快,后期体重增加快的生长模式。黄厝、南线十八线海区文昌鱼栖息密度的季节变化规律均是秋季>夏季>冬季>春季;生物量的季节变化规律均为夏季>秋季>冬季>春季。四个季度的文昌鱼平均栖息密度和生物量分别为34.30ind./m2和1.81g/11m2,黄厝海区文昌鱼平均栖息密度(35.87ind./m2)高于南线十八线海区(32.74ind./m2),平均生物量(1.94 g/m2)也高于南线十八线海区(1.68 g/nm2)。(2)6个航次共获得大型底栖动物经鉴定计166种,其中多毛类最多,共67种;其次是双壳类,有42种;接着是甲壳类,有30种;其次是腹足类,共10种;接着是棘皮类,共5种;其次是刺胞类,共3种;接着是头索类,共2种;其他类包括海蛛蛛类,纽形类,星虫类,鱼类共7种。四个季度合计的大型底栖动物物种数、四个季度平均的栖息密度和生物量,均是黄厝海区高于南线十八线海区。(3)运用Shannon-Wiener种类多样性指数H’、Margalef种类丰度指数d、Pielous种类均匀度指数J、大型底栖动物污染指数MPI以及海洋生物指数AMBI和多变量海洋生物指数M-AMBI,对厦门文昌鱼自然保护区进行了生态环境评价。大型底栖动物污染指数MPI的12个评价结果当中有10个为重度扰动。结果表明,多样性指数H’,AMBI和M-AMBI指数的评价结果较为一致,它们的评价结果表明2014年至2016年厦门文昌鱼自然保护区沉积环境处于良好状态。(4)厦门文昌鱼自然保护区文昌鱼栖息密度和生物量与盐度呈显著正相关;文昌鱼种群参数与温度没有显著相关;文昌鱼栖息密度、生物量、平均体长和体质量与砾、砂含量呈显著正相关;与粉砂、粘土含量、平均粒径和分选系数呈显著负相关。大型底栖动物的均匀度指数J和多样性指数H’与海水的盐度呈显著负相关;大型底栖动物的物种数、均匀度指数J和多样性指数H’与砾、砂含量呈显著负相关;与粉砂、粘土含量呈显著正相关;大型底栖动物的所有群落参数均与平均粒径和分选系数呈显著正相关。可见,粉砂和粘土的含量越高,文昌鱼栖息密度和生物量越少。(5)2015年夏季和2016年夏季,两个海区两种采样方式文昌5个鱼种群参数的比较得出,耙式采样器获得的文昌鱼个体数、栖息密度、生物量、平均体长和平均体质量基本高于抓斗式采泥器的。2015年夏季和2016年夏季,两个海区两种采样方式获得的大型底栖动物3个群落参数比较得出,耙式采样器获得的大型底栖动物物种数、栖息密度和生物量均高于抓斗式采泥器的,One-Way ANOVA分析表明,两种采样方式获得的大型底栖动物物种数呈显著差异,两种采样方式获得的大型底栖动物栖息密度和生物量无显著差异。