鸡BRD2基因剪接体亚细胞定位及其互作蛋白的筛选和功能分析

来源 :贵州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:znchen1
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
含溴结构域蛋白2(bromodomain-containing protein 2,BRD2)具有两个串联的溴结构域和一个末端外结构域,是溴结构域和末端外结构域蛋白家族成员之一。BRD2蛋白能够特异性结合组蛋白乙酰化赖氨酸,参与基因的转录调控、染色质重塑和细胞增殖与凋亡等生物学活动。目前,国内外关于BRD2基因的研究主要集中在人和小鼠上,而对鸡BRD2基因的研究报道相对较少,特别是关于鸡BRD2基因及其剪接体的组织表达特征、亚细胞定位及其相互作用的细胞蛋白尚不清楚。因此,本研究首先对鸡BRD2基因及其剪接体进行克隆和生物信息学分析和组织表达特征分析;构建鸡BRD2基因及其剪接体的重组真核表达载体,转染细胞后观察其在细胞中的亚细胞定位;进一步通过免疫共沉淀结合质谱鉴定方法筛选鸡胚成纤维细胞(DF-1)中与鸡BRD2及其剪接体蛋白互作的细胞蛋白并进行生物信息学分析,然后选取其中一个细胞蛋白进行相互作用验证。主要研究结果如下:1.成功扩增鸡BRD2基因及其剪接体的ORF,并进行克隆和测序。序列分析结果表明,鸡BRD2基因及其剪接体ORF全长分别为2340 bp(BRD2)、2283bp(BRD2-X1)、2301 bp(BRD2-X2)和1983 bp(BRD2-X3),编码779、767、761和661个氨基酸;鸡BRD2及其剪接体蛋白二级结构主要由无规卷曲和α-螺旋组成。荧光定量PCR检测结果显示,在鸡发育的不同阶段,BRD2基因及其剪接体在各组织之间均有表达,且同一日龄不同组织之间mRNA表达量存在差异,其中BRD2和BRD2-X2呈上调表达且在肺脏中表达量最高,而BRD2-X1和BRD2-X3呈下调表达且在肺脏中表达量最低。2.成功构建鸡BRD2基因及其剪接体的重组真核表达载体pEGFP-BRD2、pEGFP-BRD2-X1、pEGFP-BRD2-X2、pEGFP-BRD2-X3,将其转染细胞后通过Western blotting证实融合蛋白在细胞内得到正确的表达。亚细胞定位观察结果显示,鸡BRD2基因融合蛋白GFP-BRD2及其剪接体融合蛋白GFP-BRD2-X1、GFP-BRD2-X2和GFP-BRD2-X3均定位在细胞核,但是GFP-BRD2和GFP-BRD2-X1在细胞核中呈均匀分布,而GFP-BRD2-X2和GFP-BRD2-X3在细胞核中呈不均匀的点状分布。3.分别筛选到225、185、137和34种细胞蛋白与鸡BRD2、BRD2-X1、BRD2-X2和BRD2-X3蛋白存在相互作用。GO功能注释表明,与BRD2互作的蛋白主要参与基因的转录调节、细胞周期和发育和代谢与生物调节过程;与BRD2-X1互作的蛋白主要参与基因的转录调节、转录与翻译、代谢与生物调节和免疫与病毒感染过程;与BRD2-X2互作的蛋白主要参与基因的转录调节、代谢与生物调节和免疫与病毒感染过程;与BRD2-X3互作的蛋白主要参与免疫与病毒感染过程。与BRD2及其剪接体蛋白互作的蛋白都具有核酸结合、蛋白质结合和酶活性调节的分子功能,且主要定位于细胞核内,部分定位于细胞质。KEGG信号通路显示,与鸡BRD2及其剪接体互作蛋白都主要涉及遗传信息过程、翻译过程、其次是免疫系统和细胞发育过程。4.将构建的鸡BRD2基因与MATR3基因重组真核表达载体pEGFP-BRD2和p CMV-Myc-MATR3分别共转染DF-1细胞,通过荧光共定位观察鸡BRD2蛋白与MATR3蛋白在细胞内的共定位情况,并利用免疫共沉淀的方法验证鸡BRD2蛋白与MATR3蛋白的相互作用。结果表明,鸡BRD2蛋白与MATR3蛋白的融合蛋白GFP-BRD2和Myc-MATR3均分布在细胞核,且在细胞核内具有明显的共定位;免疫共沉淀试验结果表明,鸡BRD2蛋白与MATR3蛋白存在相互作用。以上结果表明,鸡BRD2蛋白与MATR3蛋白在细胞核内具有相互作用。
其他文献
深度学习是一种由多层神经网络组成的高度非线性模型,它能够在大规模数据集上表现出非常强的表达能力。自适应算法例如Ada Grad、RMSProp、Adam等通过自动调整每个参数的学习率已经在多个任务上表现出了非常快的训练速度,成为了当前深度学习主流的优化方法。但自适应算法如Adam的学习率是不稳定的,这导致了在测试集上的泛化性往往不如随机梯度下降法(SGD),甚至在某些情况下无法收敛。因此一些新的算
人体动作迁移在人物动作复现、虚拟试装、角色动画、电影及游戏制作等领域有着巨大的应用价值和潜力。当前的动作迁移模型主要是运用深度学习的方法来实现的,需要应用人体姿态估计模型进行姿态检测,应用生成式对抗网络进行图像合成。通过对现有研究的分析和总结,我们发现这些动作迁移模型主要存在两点问题:首先,在对源人物和目标人物进行姿态检测阶段,现有的人体姿态估计模型普遍存在模型参数量和计算量大、冗余度高、检测耗时
植物在各种复杂环境胁迫中能调节体内新陈代谢,以维持正常的生长发育进程。microRNAs可以通过调控相关基因的表达,激活相关抗性网络信号,进而提高植物的耐受力。成熟miRNA分子可与靶基因的碱基互补位点进行结合,直接参与靶基因mRNA调控,是真核细胞基因表达的重要负调控因子。miR164介导NAC的保守调控模式,在多种植物非生物逆境应答中发挥着至关重要的调节作用,但在火龙果中尚未报道。本实验室前期
在网络控制系统、容错控制系统等许多物理和工程系统中,马尔科夫跳变系统在环境变化、系统故障和修复等方面可以建立有效的数学模型,使得近几十年来马尔科夫跳变系统获得快速发展.人们对其稳定性分析和滤波器设计进行了广泛的研究,并取得了良好的效果,其中包括马尔科夫跳变系统的滤波器设计问题.据作者所知,对于中立马尔科夫跳变系统和Takagi-Sugeno(T-S)模糊模型马尔科夫跳变系统这些特殊的马尔科夫跳变系
同域分布近缘物种间的资源竞争与行为适应是动物行为生态学研究的热点问题,也是灵长类保护研究者的关注重点,可在一定空间范围内了解它们是如何合理、有效地分配环境资源以及相互协调保持种群稳定生存。在考虑不影响和损害灵长类以及其他野生动物种群的正常生存、繁殖情况下,本研究于2017年4月—2020年12月期间,利用66台红外相机,结合核密度估计方法(Kernel density estimation)和占域
猪博卡病毒(Porcine Bocavirus,PBoV)系细小病毒科、细小病毒亚科、博卡病毒属成员之一。博卡病毒早在20世纪60年代初就已被发现,但猪博卡病毒2009年在瑞典患断奶多系统衰竭综合症的仔猪中才被检测出来,目前关于猪博卡病毒的研究报道相对较少。猪博卡病毒主要引起猪群的腹泻、呼吸系统疾病和断奶仔猪多系统衰竭综合症。近年来,猪博卡病毒虽在全基因序列扩增、检测方法、流行病学调查等方面取得了
水库作为一种重要的水利工程基础设施,已成为每一个国家经济社会发展过程中必不可少的强力支柱,它的防洪抗旱、水力发电、河流航运、农业灌溉、生态保护、旅游观光等一系列强大功能,给人们带来了数不尽的财富和便利。然而,万事万物都有其弊端,水库由于蓄水阻拦了大量的水,这将使水库库区及其周缘地带的应力环境大大改变,一系列的改变将有可能诱发水库地震。水库地震以其不易被预测和一旦发生破坏性极大等特点,已引起各个国家
混凝土在输送管内流动时因管壁摩擦等原因造成泵送压力损失,混凝土泵送压力损失与泵送设备选型、混凝土工作性能和混凝土输送管路布置等相关。随着现代混凝土技术以及泵送技术的快速发展,规范推荐的压力损失计算公式适用性存在一些争议,而依托大型盘管试验的相关研究因其对场地及试验条件的要求较高而不易开展,因此,寻找一套科学、简易且较准确的方法对混凝土泵送压力损失进行研究具有重要的理论意义和工程实用价值。本文基于真
之所以节段预制拼装能作为国内桥梁工程广泛使用的结构形式,其主要是因为预制拼装桥梁可以保证工程质量、施工速度较快、对周围环境交通影响较小以及桥梁跨径可用范围较广等一系列优点。因为接缝是节段预制拼装桥梁的薄弱环节,所以节段预制拼装桥梁不管是在正常使用极限状态,还是在承载力极限状态的受力性能都深受接缝处受力性能的影响。因此,研究预制拼装混凝土桥梁的新型湿接缝构造形式及其力学性能,对于加快施工速度、加强桥
半夏(Pinellia ternata(Thunb.)Breit.)是天南星科半夏属干燥块茎,连作障碍严重,不能重茬,严重制约了生产发展。为了提高土地利用率,同时探索半夏一年两作轮作模式的效益及其连作障碍的缓解效应。本试验以半夏为研究对象,主要研究一年两作的轮作模式对半夏生长生理、产量和品质的影响,分析了一年两作轮作对土壤养分、酶活性、微生物群落结构及化感物质的影响,并比较了一年两作轮作模式的经济