作为多孔菌科(Polyporaceae)的模式属,多孔菌属(Polyporus)在分类学上的研究已经进行了近乎三个世纪。该属真菌世界性分布,是一类重要的木腐菌,在森林生态系统的碳氮循环中起着重要作用。系统发育学研究表明,多孔菌属是一个多系起源的属,与异薄孔菌属(Datronia)、棘刚毛菌属(Echinochaete)、香菇属(Lentinus)、假棱孔菌属(Pseudofavolus)等属有较近的亲缘关系。近年来,根据分子系统学研究结果,多孔菌属被划分出4个单独的属,即角孔菌属(Cerioporus)、棱孔菌属(Favolus)、新棱孔菌属(Neofavolus)和黑柄多孔菌属(Picipes),另外Polyporellus组中的种类被组合至香菇属中。本研究通过形态学、分子系统学和分子钟相结合的方法,探究了多孔菌属及其近缘属间在系统学和分歧时间上的相互关系。研究中首次以8个DNA片段构建了多孔菌属及其近缘属较为完整的系统发育图谱,并以6个基因片段中较为保守的区段构建了多孔菌属及其近缘属的进化图谱,为研究多孔菌间的相互关系提供了更为详实的参考依据。研究中共描述多孔菌52种,其中包括25个新种和3个中国新记录种,并给出了各种的分种检索表。分子钟分析结果显示:多孔菌目形成于被子植物出现后的白垩纪早期,并在被子植物快速分化和传播的白垩纪中期分化出褐色腐朽和白色腐朽类型的分支,多孔菌属及其近缘属真菌所在的6个主要分支的分歧时间则在被子植物占据植物界统治地位之后的古新世时期(约60-46 Mya)。系统发育分析结果显示:多孔菌属及其近缘属真菌主要分布在6个主要分支中:多孔菌核心分支(core polyporus clade)、棱孔菌分支(favolus clade)、香菇分支(lentinus clade)、新棱孔菌分支(neofavolus clade)、黑柄多孔菌分支(picipes clade)和宽鳞分支(squamosus clade)。6个分支中,多孔菌核心分支中包含了多孔菌属的模式种以及该属中的其它4个种和一个待定种;棱孔菌分支中仅包含了棱孔菌属中的真菌;香菇分支包含了多孔菌属中Polyporellus组和香菇属中的真菌;新棱孔菌分支中仅包含了新棱孔菌属中的真菌;黑柄多孔菌分支中仅包含了黑柄多孔菌属中的真菌;宽鳞分支中包含了多孔菌属中Polyporus组和Melanopus组中的部分种类以及异薄孔菌属、小异薄孔菌属(Datroniella)、棘刚毛菌属、伯纳菌属(Mycobonia)、拟异薄孔菌属(Neodatronia)和假棱孔菌属等属中的真菌。形态学研究结果表明:多孔菌核心分支中的真菌担子果新鲜时肉质、干燥后易碎,菌柄表面无深色外壳,菌丝膨大、菌肉或菌管中菌丝系统为单系,无拟囊状体;棱孔菌分支中的多孔菌担子果新鲜时软革质至革质、干燥后木栓质或易碎的,菌柄表面无深色外壳,常有锥形或镰刀形拟囊状体,菌盖表面常有放射状条纹,表皮无胶状菌丝,且多分布在热带和温度较高的亚热带地区;香菇分支中的多孔菌菌盖表面常覆有深色的鳞片或绒毛的,菌柄中生、无深色外壳,菌丝膨大及无拟囊状体;新棱孔菌分支中的多孔菌担子果新鲜时软革质至革质、干燥后木栓质或硬,菌盖表皮有无色至棕色的表皮细胞及胶状生殖菌丝,无拟囊状体,且多分布在温带和温度略低的亚热带地区;黑柄多孔菌分支中的真菌担子果新鲜时木栓质至革质、干燥后硬,骨架-缠绕菌丝厚壁不膨大,成熟子实体中多窄腔至近实心,菌管骨架-缠绕菌丝中有树状分枝,紧密交织排列;宽鳞分支中的多孔菌子实体形态多变,菌丝结构差异较大,但就多孔菌属的种类而言,该分支中真菌担子果新鲜时肉质、软木栓质至革质,干燥后木栓质或较易碎,菌管易碎,菌柄表面覆有棕色至黑色外壳,常无拟囊状体。综合形态分析和分子系统学研究结果,多孔菌核心分支被作为狭义的多孔菌属,该属中包含了 9种多孔菌;棱孔菌分支中的真菌保留在棱孔菌属中;恢复小多孔菌属(Polyporellus)的分类地位,并将香菇分支中子实层孔状的种类转移至该属中;新棱孔菌分支中的真菌保留在新棱孔菌属中;黑柄多孔菌分支中的真菌归入黑柄多孔菌属中;宽鳞分支中各属真菌由于形态差异较大,暂不组合到同一个属中,仅将该分支中原多孔菌属的种类转移至角孔菌属(Cerioporus)中,并将其作为一个多系起源的属。