19世纪90年代后美国太平洋沿岸地区爆发了排斥日本劳工移民的运动,旧金山一度成为排日运动的中心。1906年10月,旧金山教育委员会通过决议,要求此前在普通公立学校就读的日本学生进入指定的东方人学校。教育隔离引发日本民众的不满及日本政府的抗议,导致美日关系陷入紧张。西奥多·罗斯福总统在事件初期采取了压制排日运动以维护美日友好的政策,向日方作出解释和保证,派遣商业与劳工部长梅特卡夫前往旧金山调查和劝解,在年度咨文中谴责旧金山的做法并宣布将动用一切力量和采用一切手段保障日本人的条约权利,并就教育隔离向美国法院提出上诉。但联邦干预未能促使旧金山撤销隔离,反而在加州和美国西海岸引起了批评总统和鼓动排斥日本移民的浪潮。总统意识到西海岸的排日决心以及移民问题在美国国内政治和美日关系方面所具有的重要性,于是开始转变政策,谋求通过限制日本劳工移民赴美来解决学校事件、争取西海岸选民支持、避免美日移民纠纷。总统争取到加州国会议员对他的方案的支持,并将旧金山政府代表请到白宫,劝说他们撤销隔离,同时保证将采取措施排斥日本劳工移民。日本政府认为教育隔离是对日本人的歧视,且违反美日条约,所以向联邦政府提出交涉,但日方并不希望事件影响两国关系,总统的支持让日本感到欣慰,但局势的恶化促使日本同意在旧金山撤销隔离的前提下与美国就移民限制问题达成协定。美国希望达成相互排斥劳工移民的条约,为此愿意授予日本人教育方面的最惠国待遇,但日本希望用归化权来作为交换品,以保全国家的体面和使政府免受批评,这导致移民条约谈判陷入僵局。罗斯福推动国会通过鲁特修正案,授权总统采取措施限制日本劳工从夏威夷等地前往美国大陆,旧金山则同意撤销隔离。1907年2月,美日就劳工移民限制问题达成谅解,历史上称之为“1907年绅士协定”,遵照协定,美国将限制日本劳工从夏威夷等地前往美国大陆,日本则限制劳工从日本本土前往美国。3月,旧金山撤销教育隔离,总统则发布了禁止日本劳工从夏威夷等地入境的行政命令。虽然美方在学校事件后继续谋求与日本缔结移民条约,但双方在移民条约问题上的分歧以及两国国内的舆论环境导致缔约计划搁浅,最终双方通过细化和加强1907年协定来解决移民问题。旧金山教育隔离事件是美国排日运动和日本移民问题发展到高潮的体现。由此引发的美日外交纠纷体现着两国关系进入新时期后的新特点,预示着两国关系发展的新方向。1907年绅士协定结束了由学校事件引发的美日外交危机,一定程度上限制了日本劳工移民赴美,但协定未能根本解决移民问题,协定还在美日间引发了新的争议和斗争。