审计是我国的一项重要的行政监督制度,审计的发展有利于我国依法行政,能够促进各级机关作出科学性的决策,有效地提高财政资金的使用效益。因为各类财政专项资金占财政预算中的比例较大,并且关系到了各个领域的经济发展等特点,使其成为开展绩效审计的重中之重。但是,目前秦皇岛市海港区财政专项资金的绩效审计仍处于起步阶段,依赖于传统财务审计方法,严重制约了海港区的绩效审计工作的发展。因此,设计一套适合本地的专项资金绩效审计方案,对于规范财政专项资金绩效审计,提升财政专项资金的使用效率极为关键。文章采用文献研究法、调查研究法以及案例研究法,对研究背景以及其意义进行了阐述,并根据已有的国内外研究阐述了财政专项资金绩效审计的相关理念,结合与其相关的理论及法律依据,针对性的对秦皇岛市海港区财政专项资金绩效审计情况作了相关研究,指出其中的问题,并找出问题的原因。通过对问题的分析思考,设计出一套有效的针对秦皇岛市海港区财政专项资金绩效审计的改进方案。提出全程审计思路,根据财政专项资金的问题贯穿设立、分配、使用、管理以及评价等各环节,采取事前审计准备、事中审计跟踪、事后审计评价的全程跟踪式审计方案,评估被审计项目绩效,规范审计流程。依靠现有科技手段,建立长久有效的专项资金审计数据库,提高财政专项资金的绩效审计效果。最后以秦皇岛市海港区居家养老专项资金绩效审计项目为例进行具体实施策略研究,提出改进专项资金绩效审计的建议,进一步完善秦皇岛市海港区专项资金绩效审计体系,提高审计机关专项资金绩效审计水平。