水黄皮(Millettia pinnata)是一种豆科植物,其种子具有较高含量的非食用油脂,近年来作为生物柴油原料树种吸引着越来越多的研究关注。水黄皮品种的选育有赖于对其种子发育过程的分子调控机制进行全面系统的了解。迄今为止,此物种中只有有限的基因组序列或转录本序列被分离并用于研究,对其种子中基因表达模式的研究较少。基因表达调控主要包括转录水平和转录后水平的调控。MicroRNA(miRNA)是一类内源性的主要参与转录后水平基因调控的非编码小RNA。本研究拟通过高通量测序技术对水黄皮种子三个发育阶段进行小RNA测序分析,以了解此过程中miRNA表达的变化特点及其与种子发育的相关性。对九个小RNA文库测序共得到约2.83亿条原始短序列,经过序列处理分析后共鉴定出属于54个家族的241个保守miRNAs以及143个在水黄皮中发现的新miRNAs。其中,我们又发现了119个在水黄皮种子发育不同阶段有显著差异表达的miRNAs(DEmiRs)。同时,我们通过生物信息学预测和降解组测序分析分别得到1327个和107个靶基因。对预测靶基因的功能注释表明DEmiR的靶基因主要在非同源末端连接、碱基切除修复和光合作用等代谢途径显著富集。最后,我们还对随机挑选的15个DEmiRs及其靶基因进行了表达差异验证,证明了测序结果的可靠性。本研究的结果将为深入探讨特定miRNA在水黄皮种子发育中的调控作用及其在植物育种中的应用奠定基础。