蛋白质折叠问题,即蛋白质是如何由结构简单的肽链折叠成为特定的三维空间结构的问题,是生命科学中非常重要的研究方向。在蛋白质的折叠过程中,有多种复杂的因素对它产生影响,包括溶剂的作用,温度的作用,酸碱度的作用,压强的作用等。很多原因可以使蛋白质错误折叠形成难溶性的纤维状聚集物,导致疾病,例如阿尔茨海默症。高压使蛋白质变性实验越来越受到人们的重视。研究蛋白质折叠问题,除了利用一系列实验技术例如X-射线晶体衍射、核磁共振光谱等以外,计算机模拟具有不可替代的作用。GROMOS9是分子动力学模拟领域著名的软件。它根据生物分子的结构原理,建立理论模型,通过模拟原子运动得到生物大分子的结构信息及动力学消息。本文以淀粉样蛋白Aβ为对象,研究高压对Aβ蛋白去折叠过程中结构变化的影响。我们选择Aβ40和Aβ42,它们的三维结构已经测出。采用GROMOS96软件包,使Aβ40和Aβ42分别在常温不同压强0.1Mpa, 200Mpa, 1000Mpa下,运行60ns的去折叠动力学模拟。并对模拟结果进行了分析。本论文共分六章:第一章为综述,主要讲述了蛋白质的组成及结构;蛋白质折叠问题的由来、折叠路径问题、折叠中的动力学假说与热力学假说以及折叠过程情况;蛋白质折叠的计算机模拟的意义;第二章为分子动力学模拟及GROMOS,介绍了分子动力学模拟的原理,介绍了进行分子动力学模拟的软件GROMOS以及该软件模拟的原理。其中包括经验力场和位能函数、分子动力学模拟的Verlet蛙跳方法、SHAKE约束技术以及能量优化的最速下降法和共轭梯度法;第三章为阿尔茨海默症和淀粉样蛋白Aβ,介绍本文的研究对象淀粉样蛋白Aβ和阿尔茨海默症的研究现状;第四章、第五章分别为高压环境下对Aβ40和Aβ42所作的分子动力学模拟和结果分析,得出了一些有益的结果。主要内容如下:高压致淀粉样蛋白Aβ40和Aβ42结构变化的分子动力学模拟。利用GROMACS96软件包,OPLS-AA力场,常温下,我们使Aβ40在分别在1大气压,2000大气压,10000大气压下,进行分子动力学模拟。对模拟输出的轨迹分析其二级结构,回旋半径,原子坐标的均方根偏差,以及溶剂疏水残基的可及性表面积,并对不同的压强作用效果进行分析。结论为不同的压强对不同的蛋白质具有不同的效果,但是在蛋白质去折叠的初期,α-螺旋由于受到疏水中心的保护作用,它在高压下的去折叠要比常压下的时间延迟。而且,2000大气压能够抑制Aβ42在水溶液中形成β-折叠片结构。最后一章为全文总结,比较分析了高压影响Aβ40和Aβ42结构变化的异同。