当前农村的土地承包经营权在实施之初曾发挥了惊人的制度绩效,但是随着社会主义市场经济的发展,以户为单位的生产经营方式已不适应社会经济的发展现实,小农生产方式和大市场之间的矛盾越来越突出,农地流转成为当下实现农地规模经营、发展现代农业、提高农民收入的重要手段。由于市场机制不健全,农地流转制度有待进一步的健全和完善。土地流转、土地征收等活动的日益频繁所带来的另一个影响就是农村地区的土地权益纠纷也日渐增多,成为影响农村稳定和我国社会稳定大局的重要因素。切实保障农民的土地权益,不仅关系到“三农”问题的顺利解决,对整个国家的平稳健康发展都有重大的意义。在该研究中,笔者综合运用法学、经济学、政治学等多学科的理论对农民土地权益保护制度的理论基础进行了深入地分析,尤其是对法学理论中的平等生存权理论、利益与利益机制理论、社区发展权理论和可持续发展理论,以及经济学理论中的制度变迁理论、产权理论进行了详实地阐述,为我国农民土地权益保护制度的构建提供了理论基础。其次,对我国农民土地权益保护制度的历史和现状进行了考察,在历史考察中对我国农地制度的三个阶段进行了介绍,包括农民土地所有制时期、土地集体所有制时期和家庭承包经营制时期。对农民土地权益的现状进行了充分的实证调查研究分析,实证调研是以湖北省为例对农村土地制度、农地流转现状、土地权益纠纷和农村社会保障体系的建设等领域进行了调研。剖析我国农民土地权益领域存在的问题,并从法律的角度为完善我国农民土地权益保护制度提供实践基础。再次,选取了典型发达国家如美国、日本、英国的相关农民土地权益保护制度和农业支持政策进行了比较分析,发达国家的农民土地权益领域的制度相对来说比较完善合理,在国家利益和农民利益之间做到了比较好的利益协调关系,指出国外土地权益保护制度的成功经验及对我国的启示。分析了国内比较典型的集体土地权益实现途径,为我国农民土地权益保护相关制度的构建与完善提供了宝贵经验。最后,通过理论与实践的分析,对我国农民土地权益保护制度的体系化完善和农民土地权益保护制度的运行保障进行了完善与创新。针对我国农民土地权益保护制度的体系化完善,从保护主体、农民土地权益实现模式和农民土地权益保护制度、与农民土地权益保护制度相关的配套制度四个方面进行了论述,其中,以社区发展权理论为指导,以土地股份合作制为基础的社区股份合作社是农村集体产权制度改革的可行路径之一,建立社区合作社法人制度,对于实现集体所有权的主体实化、振兴农村集体经济、提高农民的组织化程度、保障农民的土地权益均有重要的理论和实践价值。在运行保障中从农民土地权益纠纷解决机制、农地流转风险防控机制、农地资源信息监控机制三个方面进行论述,土地流转实质是农民对土地权利全部或部分的让渡,是当前我国促进农民增收、发展农业产业化和规模化经营、实现农地资源优化配置的重要途径。但是土地流转活动可能导致各种不确定性以及由此不确定性而产生各种风险。土地流转可能带来的风险包括政治、经济、社会三个方面的内容,因此,必须对农地流转可能导致的风险进行系统研究,建立土地流转风险防控机制,把风险维持在社会和农民可接受的范围内。