瓠瓜（Lagenaria culgaris Ser.）是一种重要的蔬菜,营养丰富,有较好的保健功能。对瓠瓜杂种鉴定的研究,有利于种子市场的管理、瓠瓜种质收集与保存,对保护新品种的知识产权和育种家们的权益具有重要意义。本研究采用EST-SSR、SRAP、ISSR和RAPD4种分子标记技术,在优化反应体系的基础上,建立瓠瓜杂种纯度室内快速鉴定技术体系。主要研究结果如下:1.在前人研究的基础上,借鉴其他葫芦科作物的研究成果,利用正交试验设计和单因素试验相结合的方法优化EST-SSR、SRAP、ISSR和RAPD反应体系及扩增程序,摸索出一套适合于瓠瓜杂种鉴定的EST-SSR、SRAP、ISSR和RAPD反应体系。各分子标记的最佳反应体系及程序如下:（1）优化后的EST-SSR反应体系:10μl反应体系中,TaqDNA聚合酶、引物、dNTPs、Mg²⁺4种主要成分的最适浓度分别为:0.5U、0.1μmol/L、100μmol/L和0.75mmol/L。（2）优化的SRAP反应体系（20μl）,TaqDNA聚合酶、模板、引物、dNTPs、Mg²⁺5种主要成分的最适浓度分别为:1.25U、30ng、0.5μmol/L、100μmol/L、2mmol/L。在8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳下检测结果,稳压120V。（3）优化后的ISSR反应体系:在20μl的反应体系中,TaqDNA聚合酶、模板、引物、dNTPs、Mg²⁺5种主要成分的最适浓度分别为:0.5U、40ng、0.75μmol/L、150μmol/L、2mmol/L。最佳扩增程序为:94℃预变性5min;92℃变性30s:58℃退火45s;72℃延伸1.5min;循环35次;最后72℃延伸7min;4℃保存,在1.8%的琼脂糖凝胶电泳上检测扩增结果。（4）优化后的RAPD反应体系:在20μl的反应体系中,TaqDNA聚合酶、模板、引物、dNTPs、Mg²⁺5种主要成分的最适浓度分别为:1U、30ng、1.5ng/μl、150μmol/L和1.75mmol/L2.56对甜瓜属、54对黄瓜属和10对苦瓜属EST-SSR引物对3个杂交种及亲本没有扩增出多态性;市场上购买的9个瓠瓜品种及本实验室培育的3个杂交种（06-2×06-6、06-4×06-5、06-1×06-5）之间有两对引物扩增出多态性,可以区分3个品种。3.本实验从12对引物组合中没有筛选出可以鉴别3个杂交种及亲本的有效引物对,但12对SRAP引物组合中有4对引物组合（em2/me6、em3/mel、em3/me2、em5/me2）在本实验室的3个杂交种（06-2×06-6、06-4×06-5、06-1×06-5）和购买的9个瓠瓜品种之间扩增出多态性,共扩增出46条带,20条多态性条带,多态性比率达43.48%。4对引物组合可将市场购买的9个瓠瓜品种完全区分开,并且除2号品种外的其他8个品种可以与本实验室的3个杂交种区分开。4.24条ISSR引物,在3个杂交组合及亲本和购买的9个瓠瓜品种之间没有扩增出多态性。5.本实验从186条RAPD随机引物中筛选出9条引物用于3个瓠瓜杂交种的纯度鉴定。其中组合06-2×06-6,获得2条偏母型引物和2条缺失型引物;组合06-1×06-5,获得3条偏父型引物和2条缺失型引物;组合06-4×06-5,获得4条偏母型和1条偏父型引物。6.综合4种标记的分析结果,RAPD和SRAP标记更适合瓠瓜的杂种鉴定。所以可以将RAPD和SRAP两种标记结合使用,利用SRAP技术的分辨率高、稳定性强和RAPD技术的操作简单、灵敏度高的特点,提高了结果的可靠性,以及分子标记用于瓠瓜杂种鉴定上的可行性。