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【目的与背景】食管癌（EC）是最常见的高发的恶性肿瘤之一，在所有的恶性肿瘤中排在第六位。与西方国家腺癌类型为主的情况不同，食管鳞状细胞癌（ESCC）是我国最常见的组织类型。近年来食管癌在基础与临床方面都进行了大量的研究，但预后仍没有得到很大的改善，术后五年生存率仍只有25%左右,主要原因是缺乏有效的早期诊断的生物分子标志物和生物靶向治疗。食管癌的发生、发展是一个多基因参与、多因素作用、多阶段经历才最终形成的极其复杂的生物学行为。先前的研究多集中在基因水平，但在DNA和RNA水平的改变并不总引起相似的蛋白的变化，也不能真实客观的反映疾病的实际阶段和演变过程。以双向电泳及质谱技术为基础的蛋白组学，为筛选肿瘤特异性蛋白标志物提供了一个全新的办法。本研究采用差异蛋白组学技术，通过对比研究食管鳞癌组织及配对的癌旁正常组织总蛋白表达情况，建立高分辩率及重复性好的双向凝胶电泳图谱，以期筛选和鉴定出与食管鳞癌发生发展相关的蛋白，用于食管鳞癌的早期诊断、预后评判等相关的分子标志物，发现食管鳞癌生物靶向治疗的新靶点。【材料与方法】选择临床诊断明确的10对食管鳞癌组织和正常食管组织进行比较研究。提取总蛋白，并进行蛋白的定量。中等精细的非线性PH3-5.6的长24cm的固定pH梯度的IPG胶条进行第一向的等电聚焦（IEF），1.25%的SDS一PAGE行第二向分离总蛋白。差异蛋白质点经Image Master2D Platinum V ersion7.0软件分析得出后，切割、消化，MALDI一ToF质谱分析得到特异的肽质指纹图谱(peptide massfingerprint，PMF)，利用PMF和蛋白质数据库检索进行蛋白鉴定。【结果】1食管鳞癌及癌旁正常组织的电泳图平均蛋白质点为834士32和802土29，平均匹配的点数为729±34和715±24。2食管鳞癌和癌旁正常组织图谱分析后共有38个差异蛋白点，食管鳞癌组织中表达量上调的点有16个，在癌旁正常组织中表达量上调的蛋白点有22个。经肽质指纹谱鉴定分析出26个有意义的差异蛋白。【结论】建立了重复性好、分辨率高的食管鳞癌和癌旁正常组织的二维电泳图谱。在双向电泳蛋白表达谱方面，食管鳞癌组织与癌旁组织存在明显的差异，表明食管鳞癌的发生发展过程与多种差异蛋白相关，差异表达蛋白质可做为食管癌早期诊断的候选生物学标志。