双齿围沙蚕是我国沿海地区一种重要的出口水产品，本研究利用磁珠富集的方法筛选出了用于群体分析的双齿围沙蚕微卫星引物，并综合了线粒体COⅠ序列标记、微卫星标记的方法，系统的开展了对双齿围沙蚕的遗传多样性和群体遗传结构及分子系统地理格局的研究。主要研究结果如下：（1）通过磁珠富集的方法，设计了39对双齿围沙蚕的微卫星引物，20对能够扩增出目的条带，其中8对引物显示多态性扩增。在JN群体中对这些位点进行了分析，结果表明，等位基因数目在6-20之间，其观测杂合度在0.375到0.875之间，期望杂合度在0.59到0.946之间。（2）对中国沿海的8个双齿围沙蚕群体进行了线粒体DNACOⅠ序列分析，结果表明双齿围沙蚕具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样度，采用邻接法构建的系统树显示无显著的遗传拓扑结构，单倍型在各个群体中的频率分布也未出现以某种单倍型为主的明显的地理分支。但分子方差分析表明群体间具有显著的遗传结构，中性检验以及核苷酸不配对分布分析表明双齿围沙蚕群体经历了种群扩张。（3）利用6对微卫星引物对全国沿海的8个双齿围沙蚕群体进行了遗传多样性和群体遗传结构研究，结果表明双齿围沙蚕群体具有较高的遗传多样性，分子方差分析表明山东沿海群体与省外群体具有显著的遗传差异，且HD群体与其他山东群体间也存在显著地遗传差异。基于Dc遗传距离构建的UPGMA树中，检测到了与采样地点相对应的分支，存在明显的遗传结构。推测地理距离、地理位置可能是群体间产生遗传差异的原因。