准确掌握鱼类多样性及其资源时空分布规律是鱼类资源养护和利用的基本前提和重要基础。环境DNA宏条形码（e DNA metabarcoding）技术能以省力且非入侵性的方式快速监测整个生态系统的生物多样性,但该技术当前仍需与常规资源调查方法开展比较研究,从而明确这一技术在热带岛礁毗邻复杂海域中应用的可靠性。本研究以蜈支洲岛毗邻海域为代表,采用底拖网和环境DNA宏条形码技术对当地鱼类多样性及其资源状况开展四个航次的周年研究,评估蜈支洲岛毗邻海域鱼类多样性与群落结构的季节性特征,并进一步评估环境DNA宏条形码技术在解析生境复杂海域的鱼类物种组成、相对资源量以及群落水平生态学特征等问题时的可靠性和有效性。主要研究结果如下:（1）采用底拖网共捕获鱼类174种,隶属2纲12目65科123属,其中常年种（如:宽条鹦天竺鲷（Ostorhiegnchus fasciatus）、准大头狗母鱼（Trachiocephalus myops）和少鳞（?）（Uranoscopus oligolepis）等）为主导该海域鱼类资源量季度变化的主要类群。此外,海域趋礁性鱼类种类数占有较高的比重（35.6%）,且全年大部分季度（除秋季）群落组成主要为体型较小的幼鱼,表明海域为典型的热带岛礁海域,有聚集鱼类和保育幼鱼的重要作用。与该海域2019年的渔业资源调查数据比较,其鱼类组成丰富度与均匀度高度一致,鱼类群落未发生生态位交替失调现象,提示了蜈支洲岛毗邻海域鱼类群落结构较为稳定且资源状况良好。（2）采用环境DNA宏条形码技术共检测到79种鱼类,隶属于1纲11目45科68属。优势目为鲈形目,与同为岛礁生境的底拖网调查结果一致。全年调查均被检出的15种共有种（如:高鳍带鱼（Trichiurus lepturus）、六带豆娘鱼（Abudefduf sexfasciatus）和南洋美银汉鱼（Atherinomorus lacunosus）等）占据总检出丰度的65%,表明上述物种为海域年际的主要鱼类环境DNA释放源。此外环境DNA宏条形码技术能够监测到12种中上层鱼类,可有效填补底拖网调查方法缺失的鱼类多样性信息。从水文气候影响来看,旱季（春夏季）站位间样品重复性较好、具有更高的检出能力和监测效率;而雨季（秋冬季）站位间样品重复性较差且多样性指数较低。（3）为比较两种调查方法的结果,对四个航次底拖网与环境DNA宏条形码技术的鱼类资源调查数据进行整合。共检测出蜈支洲岛毗邻海域194种鱼类,隶属于14目68科135属,其中共有种占比为24.7%（48种）。环境DNA宏条形码技术与底拖网调查在群落结分布格局、多样性指数的季节性变化规律、站位样品数据重复性等均具有一致性结果。环境DNA的相对丰度与生物量最高的前8个共有种的相对生物量存在低度线性相关,但环境DNA宏条形码技术与底拖网调查检测毗邻海域鱼类物种多样性组成存在较大差异,主要原因为1)公开数据库条形码资源不足;2)12S-V5引物通用性不足,以及对鱼类物种扩增特异性效果一般;3)采样策略仍需进一步优化以捕获复杂生境特殊类群环境DNA。本研究的结果可为热带海洋岛礁毗邻海域复杂生境的环境DNA宏条形码技术鱼类资源监测提供量化参考。更完善的环境DNA宏条形码参考序列数据库、多引物组合联用以及更细化的采样策略是未来环境DNA宏条形码技术监测技术应用于热带岛礁毗邻海域研究中可以优化的三大方向,可在后续研究中进一步提升以适应复杂岛礁毗邻海域的鱼类资源监测需求。