我国的行政执法和刑事司法衔接机制已经发展的较为成熟,但是针对其中的证据衔接问题却少有规定,理论研究也比较薄弱。最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部联合出台的《关于办理侵犯知识产权刑事案件适用法律若干问题的意见》首次对行政证据材料的刑事证据能力作出了规定,但是由于其法律效力较低,难以在司法实践中发挥作用。新《刑事诉讼法》明确规定了行政机关在行政执法和查办案件过程中收集的证据材料在刑事诉讼中可以作为证据使用,这是两法衔接机制发展的一大突破,但是仅仅用一款条文来对证据衔接这个重要的问题进行规定,可能无法达到预期的效果。本文主要采用分类、比较、法条解释、实证研究等方法对行政机关收集的证据材料在刑事诉讼中的运用问题进行了全面的剖析和阐述。文章在引言部分主要阐述了行政机关和刑事司法机关证据衔接问题的现状、新《刑事诉讼法》第五十二条规定出台的背景以及研究这个论题的重要性和新颖性。文章主体内容分为四个部分,具体研究思路和设计如下：第一部分是对行政证据材料在刑事诉讼中运用的基本理论的研究。这一部分首先阐述了行政证据的内涵,对“证据”和“证据材料’进行了区别分析,然后对行政证据与刑事诉讼证据进行了比较研究,总结了二者的共同点和差异性,最后对行政证据在刑事诉讼中运用的价值进行了分析。第二部分是分析行政证据材料在刑事诉讼中运用存在的问题。首先说明我国现行立法对行政证据材料在刑事诉讼中的运用规定的不够完善,对很多问题没有进行明确的规定,尤其是程序性的规定,不同的部门针对这个问题所作的法律解释之间存在矛盾,这些问题都将导致这个新规定在司法实践中不能得到很好地适用。其次对新规定在实施过程中可能产生的问题进行了分析、预测。第三部分是行政证据材料在刑事诉讼中运用的完善。这部分是文章的主体部分,主要是针对第二部分提出的不足之处进行完善。首先是针对立法中存在的问题需采取的措施：明确可以在刑事诉讼中使用的行政证据种类,对行政证据材料在刑事诉讼中运用的具体程序作出规定,推进法律解释的统一化；其次是针对新规定在实施过程可能存在的问题进行的完善,主要是加强检察机关对行政机关证据收集和移送的监督。第四部分是行政证据材料在刑事诉讼中有效运用的配套制度和措施。通过提高行政机关的素质和取证工作能力、优化其取证方法以及建立行政机关证据认定机制来完善行政机关证据收集工作,建立行政机关与公安司法机关工作衔接机制以及推动行政机关与公安司法机关证据法律文书的统一化这几个方面来保证行政证据材料在刑事诉讼中有效的运用。