为了解火炬松叶绿体基因组的群体内变异和鉴定叶绿体的亲子遗传模式,用火炬松第二代核心育种群体54个单株、测交系9×5子代45个单株以及其亲本的叶绿体基因组进行比对,结果如下:1.对核心育种群体54个单株的叶绿体进行测序并控制测序质量,得到的叶绿体基因组序列与NCBI数据库中的火炬松叶绿体序列（编号:NC₀21440.1）比对,发现有81个SNP位点,SNP位点分布广泛,不均地分布在3990bp到119714bp之间（火炬松叶绿体大小为121530bp）。2.对等位基因频率大于5%的32个SNP所在序列进行注释,14个定位在基因间隔区,18个在9个基因内。ycf1基因检测到9个SNP,占总SNP位点的11.11%,占基因内SNP位点的50%;ycf2基因有3个SNP,占总SNP的3.70%,占基因内SNP的16.67%;在trnG-GCC、atpH、rpoC1、rps11、rpl2、rrn23、chlN基因中各有1个SNP。3.根据变异频率大于5%的SNP位点设计23对特异引物,对测交系45个子代及亲本叶绿体扩增,将扩增产物测序比对,共检测到19个SNP。利用MAGE软件对19个SNP比对,发现所有母本（8个）都与子代的SNP单倍体不一致。在19个SNP中,父本N4与7个子代完全一致,与另2个子代相差两个SNP;W03只与1个子代一致,但与其他子代不一致,其中有5个子代一致;222与子代不一致,但是自身5个无性系分株一致,9个子代一致;S1的7个无性系一致,与子代不同,8个子代一致。确认火炬松叶绿体不是母系遗传。4.基于19个SNP,采用MEGA软件,使用Neighbor-Joining方法或Maximum Linlihood方法构建进化树都能将不同父本的单株区分,SNP一致的个体聚在一起,且和SNP直接比对结果一致。在三个进化树中,圆形进化树的结果更直观。5.本研究最理想的结果是父本无性系之间所有SNP一致,而且与子代一致。但是实际结果与我们的设想有一些出入。尽管如此,从父本N4的7个子代与其19个SNP一致,父本W03、222和S1各自的全部或大部分子代一致,且不同于母本,可以初步确认火炬松叶绿体为父系遗传。为了得到完整的证据,后续实验需要使用在严格控制条件下亲子关系清晰的材料进行验证。