目前,全球范围内的水资源短缺和水源水质恶化问题日益突出,水源保护区的水资源开发和利用不仅关系着全流域自身的社会经济发展,甚至影响范围更加广泛和深远。人类社会经济活动的持续影响,改变了水源保护区的动态平衡,使其正常的生态服务功能降低甚至丧失。为此,流域水源保护区投入了大量的人力、物力和财力进行生态建设和水源保护,并对其生产布局、产业选择做了严格规定,严重阻碍了其经济发展和人民生活水平的提高,环境保护与经济发展之间的矛盾日益突出。因此,必须进一步加快建立和完善流域水源保护区生态补偿机制,实现全流域各利益主体义务与权益的平衡,理顺水源保护区和使用区的生态利益关系,从而促进全流域水资源的合理开发利用和经济社会可持续发展。本文首先对流域水源保护区生态补偿机制的相关概念进行了界定,具体包括生态补偿、生态补偿机制、水源保护区生态补偿的概念与特征。在此基础上,简要介绍了生态补偿的相关重要理论,包括外部性理论、公共物品理论、资源价值理论和治理理论,具体阐释了建立流域水源保护区生态补偿机制的客观性和必要性。然后结合东江源区生态补偿的实例,总结出我国当前流域水源保护区生态补偿机制的现状,得出现阶段我国流域水源保护区生态补偿机制还存在法律法规不健全、生态补偿标准不明确、生态补偿方式单一、资金筹集困难、考核监督机制不健全等问题。接下来本文将研究的重点放在如何完善流域水源保护区生态补偿机制,分别从法律法规、生态补偿标准、生态补偿方式、资金筹集运行、考核监督等方面提出了具体的对策和措施,希望对我国流域水源保护区生态补偿机制的建设有借鉴意义。