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本文对危害新疆番茄的病毒病及植原体病害进行了研究：通过田间调查，明确新疆加工番茄病毒病的危害症状可分为花叶、蕨叶和坏死条斑三种类型，其中坏死条斑病毒病发病晚，但危害最严重。针对该病害，2007-2009年对石河子地区不同播期的加工番茄(里格87-5)进行发病率和病情指数调查，结果显示：晚播(5月20日)的发病率(67.94%)和病情指数(43.47)，明显高于早播(4月5日)和适播(4月25日)，三个播期间病情指数差异显著；对15个加工番茄品种(系)发病情况调查分析显示，15个品种(系)对病毒病均无显著抗性，其中‘里格87-5’、‘石番15’、‘屯河34’、‘石番18’4个品种(系)田间发病较重(病情指数为64.03～65.77)；‘新番9’、‘新番4’、‘Q027’、‘石番3’4个品种(系)田间发病相对较轻(病情指数为44.02～45.47)。建立烟草花叶病毒（TMV）、番茄花叶病毒（ToMV）、黄瓜花叶病毒（CMV）、马铃薯Y病毒（PVY）及蚕豆萎蔫病毒（BBWV）五种病毒的有效检测体系。对15个加工番茄品种(系)的种子进行检测结果显示：11个品种(系)可检测到ToMV，说明种子带毒是ToMV田间发病的初侵染来源之一；2009-2012对400份田间病样进行5种病毒的分子检测，显示ToMV的侵染率(88.75%)远高于TMV的侵染率(2.50%)；田间发病主要以ToMV与另2种病毒(CMV+PVY、CMV+BBWV、PVY+BBWV)的复合侵染为主，侵染率分别为28.25%、20.75%和15.25%。对表现坏死条斑的病株通过生物学分离得到ToMV分离物XJT-1、BBWV分离物XJ14-3和CMV分离物SFQT1-2，并对其进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示：XJT-1基因组全长6383个核苷酸(FN985165)，与Genebank中已登录的ToMV序列相似性高达98.7%～99.3%。XJ14-3基因组RNA1全长5955个核苷酸(FN985164)，编码一个1870个氨基酸的多聚蛋白，与Genebank中已登录的BBWV2基因组RNA1序列相似性高达78.6%～92.4%；RNA2全长3635个核苷酸(HQ283389)，编码一个1064个氨基酸的多聚蛋白，与Genebank中已登录的BBWV2基因组RNA2序列相似性高达79.9%～97.4%。CMV分离物SFQT1-2基因组包括三条正单链RNA，基因组RNA1全长为3356个核苷酸(HQ283392)，编码1a蛋白，与Genebank中已登录的CMV ⅠA亚组代表株系基因组RNA1序列相似性最高；基因组RNA2全长3042个核苷酸(HQ283391)，编码2a和2b蛋白；基因组RNA3全长2219个核苷酸(HQ283393)，编码移动蛋白（MP）和外壳蛋白（CP），SFQT1-2基因组RNA2和RNA3与CMV亚组ⅠB代表株系的序列相似性高。CP基因核酸序列系统发生树分析表明，SFQT1-2属于CMV亚组ⅠB。为明确危害新疆喀什温室番茄的病毒种类，利用双生病毒兼并引物对表现黄化曲叶症状的番茄植株进行PCR检测，8株番茄样品均扩增到约500bp的特异片段，从中选取分离物KS2-5克隆测序。结果显示该片段由543个核苷酸组成，与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV) DNA-A相似性达99.5%。对KS2-5进行全基因组DNA-A的克隆和测序，KS2-5DNA-A全长为2781个核苷酸(JQ807735)，具有典型的双生病毒基因组特征，与TYLCV各分离物同源性达98.6%～99.5%，而与其他双生病毒的序列相似性却低于75.4%。由此表明，新疆喀什温室番茄黄化曲叶病由TYLCV引起。为明确表现丛枝、小叶、花器变形的加工番茄病原种类，利用植原体通用引物R16mF2/R16mR1对2株显症番茄植株(SYC-1，ZYT-3)的16S rRNA基因进行PCR扩增，均扩增出约1400bp的目标条带，测序结果表明，二者序列相似性达99.8%，均与三叶草丛簇组(16SrⅥ)成员相似性最高(高于98.4%)；利用iPhyClassifier在线分析表明，番茄植原体16S rRNA基因的RFLP图谱与16SrⅥ-A亚组代表株AY39021完全相同。基于16S rRNA基因的核酸序列系统发生树分析表明，二者均与16SrⅥ-A亚组分离物位于同一亚分枝上。这说明侵染加工番茄的植原体属于三叶草丛簇组(16SrⅥ)A亚组。