[目的]监测江苏口岸本底鼠类的种类及其病原体携带情况,建立一套重要鼠类的mt DNA-Cytb基因数据库。[方法]2014年5月~2015年4月,在江苏17个口岸采用夹夜法捕获本底鼠样;首先通过形态特征鉴定捕获的鼠样,在生物安全柜中解剖鼠样取其肝脏与肺脏,分别提取鼠类肝脏的DNA模板与肺脏的RNA模板;通过PCR扩增和测序,测定鼠类的Cytb基因序列,通过BLAST与NCBI的基因数据库比对,以同源性最高为分子鉴定结果。通过荧光PCR筛查捕获鼠样中的鼠疫杆菌和汉坦病毒感染情况,对阳性结果再进行测序验证与分型。最后将江苏各口岸代表性鼠样的Cytb基因序列信息与各口岸的地理分布信息结合,构建江苏口岸本底鼠类的基因特征数据库,建立Cytb基因的系统发育树。[结果]共采集鼠样418份,其中褐家鼠231只、黄胸鼠38只、小家鼠99只、黑线姬鼠44只和大麝鼩6只,其形态鉴定结果与分子鉴定结果完全一致。全部鼠样中鼠疫杆菌的荧光PCR检测均为阴性,而汉坦病毒的荧光PCR检测有18例阳性,阳性率4.31%,其中15例为汉城型(SEO),其宿主均为来源于连云港口岸的褐家鼠;其余3例为汉滩型(HTN),其宿主均为来源于南京龙潭港的黑线姬鼠。通过对各口岸的重要鼠种进行测序,构建成涵盖17个口岸的本底鼠类Cytb基因特征数据库,其中南通、扬州、南京、张家港、无锡、连云港、淮安有黑线姬鼠的地理代表种;南京、张家港、镇江、江阴、常州、泰州、常熟、宿迁有小家鼠的地理代表种;无锡、连云港、宿迁、太仓有褐家鼠的地理代表种;扬州、南京、张家港、泰州、太仓、吴江、昆山、苏州有黄胸鼠的地理代表种。通过基因特征数据建立的系统发育树能清楚的分辨各种鼠类,5种鼠种分别与参考鼠种的基因聚在一起,形成独立的5个类群。[结论]江苏口岸仍以黄胸鼠、褐家属、小家属和黑线姬鼠4中种鼠类为常见种,偶见大麝鼩,未见其他鼠类。基于鼠类Cytb基因序列信息的的分子鉴定方法准确率高,与本次常见鼠种的形态鉴定结达到100%的一致,可满足口岸鼠类鉴定工作的实际需求。在江苏口岸本底鼠类中未检出鼠疫杆菌,但连云港口岸的褐家鼠与南京龙潭港的黑线姬鼠中携带有汉坦病毒,存在流行性出血热发生和流行的风险,应及时进行卫生处理与重点监测。基于江苏口岸重点鼠类Cytb系统发育树的风险评估,提示南京、无锡、南通、扬州和连云港发生I型肾综合征出血热流行的风险较高,而连云港和宿迁发生II型肾综合征出血热流行的风险较高。