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人类单纯疱疹病毒一型(Herpes simplex virus type1, HSV-1)和二型(Herpessimplex virus type2, HSV-2)的感染是普遍存在于全世界的，它们感染人后经常引发各种疱疹和许多并发性疾病，对人类身体健康产生了极大危害。疱疹病毒有种特殊的致病机制，它们能从潜伏期到激活期过渡，初期感染时可能不会造成人体任何的症状，但当人体免疫机能下降时，该病毒就会激活并引起相关的疾病，这也是无法对该病毒进行早期发现和治疗的关键所在。近年来，随着单纯疱疹病毒感染率的提高，这种特异性的致病机制也越来越被人们所关注。本论文以人类单纯疱疹病毒一型和二型的基因组序列为研究材料，利用IMEx（ImperfectMicrosatellite Extractor）和MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）等软件对病毒基因组序列进行了SSRs（Simple Sequence Repeats）的提取和定位，再结合相关的统计学方法对SSRs的分布特点及其碱基偏向性进行了全面的分析。分析结果显示：在HSV-1中单核苷酸重复是最多的，而在HSV-2中单核苷酸重复和二核苷酸重复含量却相差不大，并且二核苷酸重复稍多于单核苷酸重复。在比较高阶SSRs时发现在HSV-2基因组中四核苷酸重复的相对频率明显高于HSV-1。值得注意的是在HSV-1和HSV-2基因组中C/G, CG/GC,(GGC)n分别以绝对的优势存在于一型、二型和三型SSRs中，并且在所有的SSRs中GC含量明显高于整个基因组中GC含量。另外，随着SSRs长度的增长，在两病毒基因组中的含量呈现出减少的趋势。通过分析结果可以得出：尽管HSV-1和HSV-2的基因组有很高的相似率，但是在两病毒基因组中SSRs的含量和分布却有着各自的特点。在两病毒基因组中越长的SSRs含量越少，这可能与它的高突变率有关。在HSV-1和HSV-2病毒基因组中不管是在SSRs中还是在整个基因组中都呈现出了高GC的偏向性，这种高GC含量的SSRs在病毒基因组中可能起着重要的作用，特别是在翻译区SSRs中GC含量的偏向性将直接影响蛋白质的结构和功能。另外，本文的分析结果可能为单纯疱疹病毒的致病性、基因组结构和进化机制的研究提供一定的理论基础。