本文对区域创新系统创新投入、绩效、耦合度的概念进行了界定。将区域创新系统划分为创新子系统和创新支持子系统,构建区域创新系统耦合度评价指标体系,并采用因子分析法对区域创新系统耦合度评价指标体系进行优化。构建区域创新系统耦合度测度模型,基于2010-2015年我国31个区域创新系统的面板数据对区域创新系统耦合度进行测度。进而本文以区域创新系统耦合度为门限变量,以有R&D活动的规模以上工业企业、研究院所及高等院校数量总和、国外技术引进合同金额、财政支出中的科学技术支出为控制变量,采用门限回归分析方法,研究区域创新投入对绩效的门限回归。耦合度测度结果表明区域创新系统耦合度分布呈金字塔型、区域创新系统耦合度分布呈明显的空间特征、少数发达省处于高水平协调耦合阶段、区域创新系统耦合度存在质变现象。门限回归实证研究结果表明区域创新系统R&D内部经费支出与滞后两期的专利授权量、R&D内部经费支出与滞后三期的新产品销售收入、R&D人员全时当量与滞后两期的专利授权量、R&D人员全时当量与滞后三期的新产品销售收入之间均存在显著的双重门限效应。且随着区域创新系统耦合度的提升,R&D内部经费支出对滞后两期的专利授权量、R&D人员全时当量对滞后两期的专利授权量的促进作用均渐大。而随着区域创新系统耦合度的增高,R&D内部经费支出对滞后三期的新产品销售收入、R&D人员全时当量对滞后三期的新产品销售收入的促进作用渐小。有50%左右的区域创新系统的创新投入对绩效有显著的促进作用,其中仅有少数区域创新系统的创新投入表现为绩效的更为明显的促进要素。根据实证研究结果,从加大区域创新投入、合理配置创新资源、提高技术创新成果商业化效率三方面提出促进区域创新系统发展的对策。