随着我国集装箱运输事业的发展，国内、外集装箱运输量逐年升高。我国铁路运输发展规划的提出为中国集装箱运输铺画出美好的蓝图；必然促进集装箱车站软硬件设施不断完善，运量快速增长，提供集仓储、运输、配送、包装等一体的全方位的物流服务。集装箱运输作为一种重要的货物运输方式，由于其货物损耗小、便于“门到门”、方便多式联运等特点，而得到人们的普遍采用。铁路集装箱运输作为中国铁路运输中的重要组成部分，取得的成绩令人鼓舞，存在的问题也令人担忧。本文针对铁路集装箱办理站作业流程不统一、重复作业繁多等方面的问题提出了解决策略，结合案例，提出了基于业务流程的组织结构，以适用顾客需求和市场的激烈竞争，优化后的组织结构强化了信息高度共享、决策科学、方便货主的理念，构建了高效、科学、扁平化的铁路集装箱运输组织机构，希望能对我国铁路集装箱运输的发展有所促进。