“9·11”事件后,美国的布什政府在阿富汗发动了旨在推翻庇护基地组织的阿富汗塔利班政权的战争,为了赢得战争的胜利,美国与巴基斯坦建立了反恐合作关系。奥巴马总统上任后,延续了与巴基斯坦的反恐合作。在其第一任期内,美国调整了布什政府时期的反恐政策,出台了新的《国家反恐战略》,然而,新的反恐战略在实行过程中却挑战重重,尤其是在美国击毙本·拉登后,美国跟巴基斯坦的关系降到了自两国合作反恐以来的最低点。到了奥巴马第二任期,巴基斯坦也迎来国内政权的更迭,两国反恐合作关系何去何从,成了摆在两国领导人面前必须解决的问题。基于各自国家利益及其他各因素的综合考量,两国在新的阶段都继续将对方看成反恐问题上的重要合作伙伴,努力修复受损的双边关系。巴基斯坦起初执行的是与恐怖分子和谈的政策,随着这一政策的破产,巴基斯坦对恐怖分子盘踞的联邦直辖部落区(FATA)开展了代号为“利剑行动”的军事清剿行动,美国出动无人机对武装分子的据点进行空袭予以配合。另外,美国继续向巴基斯坦提供经济、军事等方面的援助,巴基斯坦也在反恐情报,陆上运输通道等领域配合美国的反恐。然而,由于两国不同的国家利益和地区战略,反恐合作过程中依然是矛盾重重。本文主要介绍了奥巴马第二任期美巴反恐合作的背景和内容,分析两国合作中分歧产生的原因,并据此展望今后两国反恐合作的前景。