在生物的核酸和蛋白质分子组成的序列中,蕴藏着大量生物进化的遗传信息。根据各种生物在分子水平上的进化关系,可以建立分子进化的系统发育树,估测物种间的亲缘关系,直接阐明物种的进化历程。进化树能够较为直观地反映出序列之间、物种之间在进化过程中的亲疏、远近关系,用树状拓扑结构来描述这样的亲缘关系。因此,进化树揭示了物种之间的发展演化,探求进化过程,对研究生命起源等具有重要意义。本文中,我们先是利用cvtree方法对甲型流感病毒序列的亲缘进化关系进行研究,对所得到的结果进行了讨论分析,发现该方法下只能得到序列之间的亲缘进化关系,而无法直观地讨论多个基因种类结合在一起的进化关系。为此,我们利用了复杂网络理论与cvtree方法相结合的方法,选取了15种癌症的基因序列作为研究材料,通过构建进化树,研究讨论了它们之间的进化关系。同时,由于在cvtree方法中选取串长值时所遇到的局限性,我们采用了团簇法与复杂网络理论相结合的新方法,同样构建了15种癌症的进化树,并对结果进行分析讨论。发现该方法更具有其优越性,即可以取更大的串长值进行研究,为今后研究更长的序列,更进一步发现序列中所隐藏的某些重要生物信息提供了理论基础。最后我们还对tRNA序列的进化机制进行讨论,同样利用了构建进化树的方法进行讨论分析,并给出了结论。