Affymetrix 基因芯片在生物研究中的广泛应用已经使其探针集注释成为一个关键问题。标准的探针集注释是以基因为中心，也就是将探针集与特定的基因关联起来，而且探针集的表达谱最终会被翻译成基因表达谱。不断增加的基因序列信息使人们发现了更多的可变剪切，这样有必要将以基因为中心的注释文件进一步细化为转录本的注释文件。 本文将Affymetrix 基因芯片的探针序列与现有的转录本序列进行了严格的序列比对，然后将满足序列比对条件的转录本与IPI 蛋白质数据库的数据进行关联。通过比对以及关联工作生成两个常用基因芯片的注释文件，这两个基因芯片分别为Mouse Genome 430A 2.0Array 和Human Genome U133A Array。这些注释文件在表达谱分析中使同源探针集具有更好的表达一致性，而且使相互作用的蛋白质之间具有更好的表达相关性。 总的来说，本工作将标准的Affymetrix 基因水平的注释文件精确为转录本水平或者说蛋白质水平的注释文件，这样有利于相关的研究人员更加准确地分析试验数据。