伴随着我国高职教育的兴起和发展，高职科研亦经历了从无到有、从小到大的过程。科研对高职教育的教学、人才培养和社会服务功能的较好发挥所起的作用日显突出，科研水平的高低已是学校竞争能力的重要体现。而随着高职科研地位的提升和科研水平的提高，传统的管理方式和手段越来越不能满足当前日益繁杂的科研管理工作需要，在信息技术飞速发展的大时代背景下，科研管理信息化已成为今后各高校科研管理创新的必然选择。文章以科研管理系统建设的理论分析开篇，在厘清基本概念的基础上，借鉴两大管理理论——扁平管理理论和全面质量管理理论，通过理论的阐述和解析，为系统建设找到理论支撑点。然后，从领导决策层、科研管理层和科研人员的角度出发，对高职院校科研管理系统建设需求进行分析，并探讨了影响系统建设的内外因素，包括：领导重视程度、数据资源积累、建设经费问题、科研管理基础、人员信息素质、宏观政策导向、外围环境影响、专业技术支撑。文章以宁波市现有的6所高职院校为研究对象，调研了各校的科研管理工作现状和科研管理系统建设现状，发现系统建设中存在的若干问题：系统适用性问题、信息共享问题、数据质量问题、系统售后服务问题、科研管理者自身问题。通过研究，结合实际，提出了高职院校科研管理系统建设的总体思路：系统建设可行性分析–建设目标确定–选择合适的产品–必要的二次开发–试用及调适。并着重从系统功能模块设计、基本信息数据设计、不同用户功能设计三方面入手介绍了高职院校科研管理系统框架设计方案。最后，提出了五条建议：注重整体规划；注重科研制度建设；注重系统特色打造；注重人本管理；注重科研管理队伍建设。