随着我国经济的不断快速发展，农村居民的经济条件不断好转。越来越多的农村居民，为改善居住条件，购买商品房居住，使得农村的宅基地建房闲置或供他人使用。这也就使得农村房屋的所有权流转大量的产生。但我国对于农村房屋的登记管理制度一直是法律制度中较为薄弱甚至空缺的领域，这就催生了农村房屋所有权流转中的大量纠纷。在农村房屋的买卖合同纠纷中，一方面有些地区并没有建立农村房屋登记，也就无从谈及房屋产权流转的登记；另外一方面，农村房屋是农村居民必不可缺的生活资料，司法机关在处理农村房屋买卖纠纷的过程中，必须要考虑农村房屋的特殊性，不可能严格参照商品房的纠纷处理方法进行。在这一过程中，为了保护无权处分情形下的善意第三人，往往法官会适用善意取得的制度，保护其权益。但由于我国法律法规在农村房屋物权制度方面的欠缺，以及农村土地集体所有制对其上房屋产权的影响，我国农村房屋的产权变更实际上采用的是意思主义的物权转让模式。意思主义的转让模式下，登记或交付并不是取得物权的构成要件。而根据我国《物权法》第106条的规定，不动产的物权善意取得的前提是善意第三人已经通过具有公示效果的方式获得了不动产的所有权，即通常为不动产的物权变动已登记生效。因此在当前的实际状况和法律制度现状下，对于农村房屋适用善意取得制度，本文认为并不妥当。但考虑到农村住房对于农村居民的重要意义，善意取得的效果又是符合民法原则和农村社会需要的。从制度设计的角度分析存在的矛盾问题和利益追求，并寻求在制度的矛盾与利益的平衡之间求得共同的解决正是文章选题的目的所在。本文主要内容包含四个部分。第一部分，文章从农村房屋买卖纠纷中适用了善意取得制度的判例出发，发现案件的判决当中普遍存在的理论问题，并就这一问题进行总结，从而引发全文对这一问题的详细讨论；第二部分，从理解司法实践中运用善意取得制度解决农村房屋买卖中的相关纠纷的角度，着重分析在法律与事实两方面司法实践适用善意取得制度的原因；第三部分，针对上文总结出的农村房屋善意取得适用的论证逻辑与农村房屋物权登记效力之间的矛盾，针对矛盾聚焦的登记问题，首先明晰善意取得对于登记效力的要求，从而明确登记具有公信力作为不动产善意取得的必要条件，其次明确我国农村房屋物权变动采用的变动模式，明确农村房屋登记具有的仅为对抗要件作用，从而最终较为具体的指出引言中农村房屋买卖中适用善意取得与其登记效力之间的理论矛盾；第四部分，基于前文论述的矛盾所在，阐述了适用的可行性基础，即农村房屋登记的公信力建立，一方面建立在法律层面上对于农村房屋物权属性的准确界定之上，另一方面又根据农村房屋物权属性的特殊性，试图提出具有实际操作性的登记制度建议，以期助力于解决善意取得适用在制度层面上的矛盾。