论文部分内容阅读
研究背景:肺部感染(Pulmonary infection)是临床中最常见的感染性疾病之一,为各种病原微生物所引起的肺部炎症,具有较高的发病率和致死率。由于现代医学的迅速发展,随着广谱抗菌药物、糖皮质激素、免疫抑制剂等的广泛应用,各种非典型病原体感染、广谱耐药病原体感染以及多重病原体的混合感染机率越来越大,对病原学的快速及精确检测提出了更高的要求。临床传统检测方法多为痰液、支气管肺泡灌洗液(Bronchoalveolar lavage fluid,BALF)病原菌的分离、培养、鉴定,但检测时间较长、阳性率低。分子诊断学方法可以迅速检出病原体,但容易产生假阳性结果,且无法检测新发病原体感染、多重耐药病原体感染及混合感染。宏基因组二代测序(Metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术作为一种新型的病原学检测方法,因其通量高、成本较低、敏感性高、无偏倚等优势,在感染性疾病病原学检测方面的价值日益显现。目的:(1)比较mNGS技术与传统实验室检测方法在病因不明的肺部感染病原学诊断上的效能;(2)探讨mNGS在肺部感染病原学诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析2018年1月至2019年12月于南昌大学第一附属医院呼吸内科病房及呼吸重症监护室诊断为肺部感染及行mNGS检测的住院患者共56例。收集全部患者的基本资料、病史、体征、实验室及其他辅助检查结果。在常规诊治中留取患者痰液、BALF、血液、胸腔积液或者肺组织等标本,同时送检普通实验室病原学检测(如:痰涂片、痰培养、BALF培养、血培养、核酸检测、抗原抗体检测等)和mNGS检测,根据患者临床特征及其相关辅助检查结果,形成最终病原学诊断。用McNemar检验比较mNGS与传统实验室检测方法诊断肺部感染的差异,并分别比较两者在细菌、真菌、病毒、非典型病原体及结核性肺部感染中的效能。结果:共纳入44例患者(男性27例,女性17例,平均年龄57.30岁)的43份肺泡灌洗液mNGS标本及10份静脉血mNGS标本。mNGS检测出病原体51株,阳性率为84.09%;传统实验室检测出病原体30株,阳性率为59.09%。用McNemar检验对44例不明原因肺部感染患者mNGS与传统实验室检测结果比较,两者差异有统计学意义(p=0.007<0.05),可认为NGS检测较传统实验室检测阳性率高;但是Kappa=0.22<0.4,认为两种检测方法一致性较差。mNGS在诊断病毒感染和不典型病原体感染的阳性率明显高于传统方法,p值分别为0.041(84.62%vs 38.46%)和<0.01(100.0%vs 14.29%);在细菌和真菌感染患者中,mNGS的阳性率均较高于传统方法,但差异不明显;结核分枝杆菌感染患者3例,因样本量太少无法比较两者差异。mNGS诊断出全部11例混合感染,其中传统方法仅检出2例,还有2例传统方法未检出病原体。本项研究中,细菌感染以革兰阴性菌为主,其中以铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、鲍曼不动杆菌多见;病毒感染以人疱疹病毒为主,主要为人疱疹病毒-1型(单纯疱疹病毒-1型)、人疱疹病毒-4型(EB病毒)、人疱疹病毒-5型(巨细胞病毒),病毒多与细菌、真菌混合存在;真菌感染以耶氏肺孢子虫多见;非典型病原体以鹦鹉热衣原体多见。结论:mNGS诊断肺部感染的效能总体优于传统方法,在病毒、非典型病原体及混合感染的诊断中更显著。虽然mNGS尚不能替代传统方法成为诊断肺部感染的金标准,但可作为临床病原学检测的有效补充方法,两者联合使用可提高肺部感染病原体的检出率。