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苹果是世界上栽培最广泛的果树之一,由于苹果具有童期长、生长周期长、植株大和自交不亲和等特点,用传统的方法进行苹果品种鉴定费时费力且费用较高。近年来,随着分子生物学的兴起,特别是DNA分子标记技术在苹果上的发展和应用,使苹果品种快速鉴定成为可能,其中SSR分子标记技术以其丰富的多态性、共显性遗传、重复性好和操作简便等优点日益受到人们的重视。本研究在建立和优化苹果SSR反应体系的基础上,应用SSR分子标记技术对42份苹果品种的遗传多样性进行了研究,在分子水平上为苹果种质资源鉴定和品种亲缘关系分析提供了依据,并对SSR分子标记技术应用于苹果品种鉴定和品种权保护的可行性进行了评价。主要研究结果如下: （1） 对苹果品种SSR的反应体系进行了优化,确定了最适反应体系:在20μL反应体系中,Mg2+、引物、和dNTP的最适浓度分别为2.5mmol·L-1、0.8μmol·L-1、0.10mmol·L-1;反应体系中TaqDNA聚合酶宜加入1U,模板DNA应加入15～30ng。PCR反应热循环程序:94℃预变性4min;94℃变性1min、48.5～52℃退火1min、72℃延伸1min,30个循环:最后72℃延伸5min。经多次扩增试验证明,该体系重复性和稳定性良好。 （2） 本研究用12对引物组合对42份苹果品种进行了PCR扩增,共扩增出165条DNA谱带,其中多态性带90条,占扩增总带数的54.88%,不同引物扩增的带数分布在5～24条之间,平均13.6条。根据SSR谱带数据统计结果,应用NTSYS软件进行遗传相似系数计算,42份苹果品种的相似系数的变化范围在0.713～1.000之间,说明供试苹果种质资源间的遗传变异不大,遗传多样性偏低。利用UPGMA法构建聚类树状图,结果发现:在遗传距离为0.800的阈值下SSR标记能很好的区分除富士系之外的全部供试品种（系）,将苹果品种划分为四个类群,绝大部分系谱相同或相似的品种聚在了一起。可见,SSR分子标记技术能够将通过常规杂交育种手段选育的品种区分开,而且能较好地揭示品种间的亲缘关系。 （3） 利用聚丙烯酰胺凝胶（8%）技术对供试苹果品种的不同引物的扩增产物进行了检测,得到了每个品种在一组SSR位点上的基因型图谱,从而初步建立了一个供试苹果品种的SSR基因型图谱库,为建立我国苹果品种的SSR基因型数据库奠定了基础,也证明了SSR分子标记技术应用于苹果品种鉴定和品种权保护是可行的。