1996年《刑事诉讼法》确定了存疑不诉制度。自此,存疑不诉在司法实践中一直处于非常重要的地位,发挥着越来越重要的作用,尤其对提高司法效率,减轻嫌疑人的诉累起到了积极的作用,存疑不诉案件在不起诉案件中所占比例也越来越大。证据和事实“存疑”是该制度赖以运行的核心,然而,现实中个案的证据表现形式有较大的差异,人们由于学识及能力的差异,对证据不足的认识也不尽相同,对于何种程度证据的案件可以进入存疑不诉程序,在实际运用中存有较大争议。如何保证对存疑不诉案件证据的正确把握和认定,正确适用法律,这是当前处理存疑不诉案件需要解决的难点和关键问题。为了更清晰地反映存疑不诉在司法实践中的运作现状,笔者选择一个基层检察院进行了微观的实证研究,希望通过相关的实践数据和访谈信息来客观而全面地展现存疑不诉的真实现状及在实务操作中存在的问题,并探求问题背后的深层次原因。笔者通过对C市J区检察机关2010年以来办理的存疑不起诉案件调查与分析,以及通过对一线检察人员进行访谈,结合典型案例和刑事诉讼理论知识,从犯罪构成要件的角度对存疑不诉案件进行归类,以证明对象为出发点,结合典型案例,对不同类型“存疑”案件进行分析,针对不同类型案件的证据把握和事实认定问题进行了深入研究,总结出司法实践中办理存疑不诉案件时存在以下问题：公诉证明标准与法院有罪判决标准一致；补充侦查制度规定不合理导致适用效果不理想；公诉转自诉制度形同虚设。针对这些问题,笔者提出相应的改革和完善措施：制定合理的公诉证明标准,使公诉证明标准低于法院有罪判决标准；完善补充侦查的法律规定,取消不诉指标的考核,增强补充侦查的实施效果；取消公诉转自诉制度,构建审查起诉阶段的“辩诉交易”制度。通过以上法律规定的完善及制度构建,使存疑不诉案件在事实认定和适用程序上更加合理,对保障相关权利人的合法权利起到积极的作用。