木薯花叶病是由木薯双生病毒引起的病害，它是非洲地区最严重的木薯病害。但是什么原因导致了木薯花叶病的症状发生仍然不清楚。在这项研究中，通过一个基于Solexa测序技术的高通量数字基因表达谱(DGE)的方法，研究了木薯对于非洲木薯花叶病毒(ACMV)侵染的全基因范围的转录响应。结果显示3210个基因在病毒侵染的木薯叶片中表达有差异，GO与KEGG通路分析显示光合相关的通路所受影响最大，这与染病木薯的褪绿表型是一致的。DGE与实时荧光PCR分析均显示了叶绿素降解相关基因(包括编码叶绿素酶和脱镁叶绿酸加氧酶的基因)的上调，同时显示了编码捕光复合体Ⅱ(LHCⅡ)的主要天线蛋白基因的下调。这些结果结合病毒侵染的叶片细胞中叶绿素b含量的减少以及基粒垛叠层数的减少，揭示了在ACMV引起的表型发育过程中光系统Ⅱ的变化。结合前人的成果，认为病毒对光系统的非致死的影响是它避免剧烈的宿主免疫反应的一种策略，是病原与宿主长期共进化的结果。　　另外也分析了ACMV侵染对宿主抗病相关基因表达的影响，结果显示一些抗病相关基因在ACMV侵染后下调而一些则上调，反映了宿主抗病机制的复杂性。而果胶酯酶基因与其酶活性的上调则暗示了病毒可能通过改变细胞壁的松散程度来便利其在细胞间的运动。这项研究为以后研究病毒表型发育的机制以及病毒在细胞间的运动提供了参考信息。