在科技经济全球化日益深入的新形势下,协同创新在一个地区的区域创新体系建设乃至经济社会发展中凸显其重要性。区域协同创新的五大条件是：一定的技术经济依存度,形成主导创新的龙头区域,较高且彼此相近的技术经济水平,地理邻近与组织邻近以及明确的政治意愿。成功有效的区域协同创新遵从市场引导企业合作和要素流动的运行机制,政府前期推动、后期辅助保障的调控机制,以及高校、科研机构、非政府组织参与的多层治理机制。结合基尼系数和空间计量经济学理论,分析得出北部湾经济区近年的创新产出不均衡,且空间依赖性低,因而亟需加强协同创新。北部湾经济区实行协同创新要以政府为主导,以产业为依托,以企业为主体。北部湾在不同产业、不同范畴有三种区域协同创新模式可行：技术联动协同创新模式,产业转移协同创新模式和功能定位协同创新模式。对北部湾经济区区域协同创新的对策建议主要有全面构建区域协同创新组织体系,促进创新要素的流动与共享,优化区域协同创新环境。