前列腺癌相关氨基酸变异及SNP数据库构建及功能注释

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前列腺癌是一种发生在男性生殖系统中的十分常见的恶性肿瘤,它的遗传机制尚未明确。最近几十年,大量文献报道了前列腺癌的分子遗传变异信息,包括突变、缺失、插入、重复、扩增、甲基化和多态性等,对于揭示前列腺癌的生物学机制具有重要的意义。然而,获取这些数据却是一个非常耗时的过程,目前还没有一个专注于搜集前列腺癌相关变异信息的数据库平台,因此这类数据库的建立就显得尤为迫切。为了使研究人员能够便捷的获取前列腺癌相关的变异数据,我们阅读了大量文献,搜集并整理了这些数据,最终创建了一个可在线访问的数据库PCaMDB(http://www.ibio-cn.org/PCAmutbase/home.php/)。该数据库基于目前公认的遗传变异数据平台LOVD系统,按照基因型到表型的模式,集合了文献中报道的前列腺癌病人信息和变异信息。这些数据可供用户在线查询及本地下载,同时用户还可以提交自己研究发现的新的变异信息。此外,我们还创建了一个SNP数据库,用于搜集前列腺癌相关的单核苷酸多态性数据。为了探究这些变异数据和前列腺癌之间的联系,我们选择了其中五个变异数据较多的蛋白,从蛋白质稳定性和保守性的角度对这些突变位点进行了相关分析。我们发现有31.6%的突变发生在蛋白质稳定中心位点,40%的突变发生在蛋白质保守性位点,有6个突变发生在具有高度保守性的位点,最终筛选出了对于前列腺癌相关蛋白质结构和功能影响较大的关键突变位点。
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