戈登氏菌WQ-01和WQ-01A的“4S”途径相关酶的计算机模拟

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首先,采用同源模建的方法构建出两株菌的脱硫酶的三维结构,选择的模板分别为DszA(1TVLA),DszB(2DE2),DszC(1IVH),它们与模板的同源性分别为39%,87%,25%。 其次,通过分子动力学模拟的方法研究了关键酶DszB与底物HBPS的相互作用。我们从蛋白稳定性,蛋白与小分子之间的氢键作用,蛋白表面电荷分布以及结合能等方面证明了,WQ-01的DszB蛋白一级结构的改变,确实使得改蛋白在空间结构,蛋白稳定性以及蛋白活性上均发生了变化。这些变化即为WQ01A脱硫能力增强的原因。 再次,采用分子对接的方法预测了DszA,DszC酶的活性位点,分别为DszA,Arg447和Gln451;目前,DszC的活性位点还不能用计算的手段算出来。 最后,完成了原始菌dszC基因的异源表达工作。选择Sac Ⅰ和HindⅢ为酶切位点,经双酶切后用T4 DNA连接酶将dszC基因片段连接到表达型质粒pET-28a上,构建出重组质粒pDC。再将pDC转化到宿主BL21(DE3)大肠杆菌中,得到基因工程菌株WQ0lC。WQ01C经IPTG诱导后得到45kDa大小的目的蛋白。
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粘质沙雷氏菌是一种广泛存在于自然界中的革兰氏阴性菌,该菌是包括人类在内的哺乳动物、腔肠动物、昆虫、线虫、植物等的条件致病菌。该菌的次级代谢产物灵菌红素具备多种生物活性,其中最引人注意的是灵菌红素引起癌细胞凋亡的作用机制完全不同于当前的临床抗癌药物,是很有开发潜力的抗癌药物。现阶段对细胞周期的研究主要停留在真核细胞上,本文创新性地将流式细胞术应用到原核细胞中研究粘质沙雷氏菌的生长代谢规律,可为临床解