本论文通过分析二十世纪初跨文化交流的一个案例，希望对于正确认识中日关系史，尤其“以史为鉴，面向未来”，对于深刻、理性、力求真实的认识这一段历史有所裨益。
　　1900年，由日本外务省资助，日本东亚同文会在中国南京创设东亚同文书院，旋即因为义和团运动迁往上海，后升格为东亚同文书院大学，直至1945年日本战败，东亚同文书院作为两个间谍机构之一被勒令关闭，部分教师回到日本，在爱知县丰桥市创立爱知大学。
　　东亚同文书院从日本国内招收学员超过5000名，在中国学习三到五年，因此学员汉语水平普遍比较高。为了获得有关中国的情报，书院利用每年毕业大旅行，创设了一种全新的方式:大旅行调查。即:学校提供资助、安排路线、指导调查方法，学生自行组织，以旅行的方式，对中国大陆地区的经济、政治、文化风俗进行系统的实地资料收集，报告采取《大旅行志》的方式提交，同时保存相关的日记、日志、原始资料、票据、图片和实物，囊括700多条线路，前后共计41年。
　　本论文由四章及余论组成。
　　第一章围绕东亚同文书院的筹建讨论了三个问题。在第一节中，通过对明治维新以后日本思想界的情况，尤其是表面上纷繁复杂、而实际上又可归结于国权主义的浅显一隅的特殊现象，说明成立东亚同文书院的机构——东亚同文会是如何走上历史舞台，以及东亚同文会在成立初期就面临的几次危机。东亚同文会强调要与中国保持良好的关系，最直接的表现就是培养清国留日学生。对于东亚同文会的教育宗旨，以东京同文书院为例，这也是东亚同文会第一次付诸实践的办学试验。有关东亚同文书院人员准备，由岸田吟香“乐善堂”到日清贸易研究所，以及在华办学的试验，是第二节讨论的主要内容。第三节则围绕南京同文书院具体的筹办工作，分析东亚同文书院成立之艰辛。
　　第二章是东亚同文书院的历史。尤其关注于上海作为东亚同文书院所在地给与其的影响，以及日本对华侵略对于学院命运之决定，以1915年和1932年为分界，将东亚同文书院的沿革划分为三个阶段，1915年之前，中日关系是平稳发展的时期，东亚同文书院也在友好的气氛中蒸蒸日上的发展;1915年以后，东亚同文书院以兴建新校舍为标志，进入一个全盛的新时期，开设新兴学科，发展对华教育。1932年，中日关系发生重大转折标志，东亚同文书院的发展也开始由盛渐衰，最终导致数十年教育事业在终战声中宣告崩溃。
　　第三章分专题谈东亚同文书院的特色，院长（校长）、教师、学生和毕业生如何活跃在历史舞台，以及相关重要事件。其中列举了四位院长，分别是根津一、杉浦重刚、大内畅三和本间喜一。对于教师群体，同样按照书院的三个时期（1915年、1932年为界），分别予以讨论和分析。有关在校学生的部分，讨论了三个专题:按学费支付方式不同来分析学生的来源;学生在校生活;左翼学生运动。毕业生的讨论则集中在就业的职业分布和地理分布，以及针对几个突出案例有一些个案分析。
　　第四章专论东亚同文书院与中国的关系，集中在中华学生部、支那研究部，以及中国近代教育三个问题上。1920年9月，中华学生部成立以后，多次爆发爱国反日运动，1931年8月13日，东亚同文会召开理事会，停止招收中国籍学生。“九一八事变”爆发后，中华部学生全体退学。另外一个与中国密切相关的问题是1918年10月设立的“支那研究部”，以研究中国各种问题为对象，以“发表研究结果为目的”;资助在中国旅行调查的研究;开设专业调查的课程，指导东亚同文书院学生的大旅行调查;对学生提交的调查报告书进行整理，负责研究资料的收集。关于东亚同文书院和近代中国的教育，二十世纪初的中国对于邀请日本教师尤为重视，东亚同文书院通过教师的流动和学生培养后的就业，影响了中国的教育文化事业。
　　余论部分讨论了东亚同文书院与中国的主客体认知问题，以及其认识中国的态度和动机问题，试图解答为何由“友善”着手，却以“帮凶”而终的疑问。
　　本文在写作过程中，强调在历史背景下来看待东亚同文书院的产生、发展，最终关闭的过程，即基于日本二十世纪初复杂的国内政治背景下:军国主义的抬头、泛亚细亚殖民主义的兴起，同时，本文也关注中日由于文化相近所带来的中日友好的交往意愿。因此，本文在坚持反对日本军国主义的立场上，对于日本对华友好的一面、日本内部的反战情绪有一些客观的介绍和评价。
　　中日关系在二十一世纪初的几年里，出现了重大的反复，一度落至谷底。战后的日本不愿意重视近代中日政治关系的研究，长期以来避开这个尴尬的问题，导致一系列相关的研究都停滞不前，甚至包括近代中日民间往来、半官方往来的研究也受到影响。而中国国内学术界，在强调中日近代政治、军事、外交关系的研究上，投入的关注过重，同样忽视了近代中日民间、半官方交流的研究。本文在现实意义上打破原有的单一领域、单一观点，希望在这个问题上也能有所贡献。