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禽流感病毒(Avian Influenza Virus,AIV)是分节段的单股负链RNA病毒,属于正黏病毒科(Orthomyxoviride)A型流感病毒(Infuenza A Virus,IAV)。该病毒极易变异且具有感染禽类和哺乳动物的能力。野生鸟类特别是雁形目水鸟作为禽流感病毒的自然宿主,在禽流感病毒的感染和传播方面扮演着重要角色。本研究于2014年10月-2015年3月,在上海浦东东滩湿地、湖南东洞庭湖湿地和贵州草海湿地共采集雁形目水鸟咽肛拭样656份,粪便1473份。使用MagMAXTTM Pathogen RNA/DNA Kit试剂盒抽提病毒RNA,使用实时定量荧光RT-PCR对流感病毒的M基因进行检测以筛查阳性样本,然后对阳性样本进行亚型鉴定和物种鉴定,并选取代表毒株进行全基因组测序。通过后期数据分析,对不同样本采集地的病毒感染状况、代表毒株的致病性、核苷酸同源性及系统进化关系进行梳理,并探讨了候鸟迁徙与病毒传播的关系,主要结果整理如下:1.样本采集及病毒感染情况2014年10-11月,本研究于浦东东滩湿地采集雁形目水鸟11种326只次,获得咽肛拭样656份,阳性率为40.80%。病毒亚型包括H5N2、H6N1和H4,宿主包括斑嘴鸭、罗纹鸭、绿翅鸭等8种雁形目水鸟。2014年12月与2015年2月,本研究于湖南东洞庭湖湿地采集新鲜粪便样本921份,阳性率为4.13%。病毒亚型包括H6N2、H9N2、H11N8和H12N2,宿主包括白额雁、豆雁、鸿雁和罗纹鸭。其中,H11N8亚型禽流感病毒为首次在亚洲野鸟中检测到,H12N2亚型禽流感病毒为首次在中国野鸟中检测到。2015年3月,本研究于贵州草海湿地采集新鲜粪便样本552份,阳性率为0.72%。病毒亚型为H8N4,宿主为罗纹鸭和斑嘴鸭。H8N4亚型禽流感病毒为首次在中国大陆野鸟中检测到。2.致病性分析本研究共选取了 9株代表病毒,其中分离自浦东东滩湿地的一株H5N2亚型病毒为高致病性禽流感病毒,其余8株病毒均为低致病性禽流感病毒;氨基酸序列变异位点显示,这些病毒对禽类α-2,3受体亲和力较高,在哺乳动物体内的潜在复制能力和毒性可能有所增强,但对离子通道阻断剂与神经氨酸酶抑制剂未产生抗性。3.同源性分析DT-767(H9N2)的8个基因可能都来自野鸟源毒株,而其余8株病毒具有复杂的基因来源,部分基因可能来自家禽源毒株,部分基因可能来自野鸟源毒株。9株病毒之间可能存在基因重组。4.系统进化分析PD-1415(H5N2)的HA基因位于HPAI H5的Clade 2.3.4.4分支;H6亚型三株病毒的HA基因都位于HN573-like下的AHL221-like分支;DT-767(H9N2)的HA基因位于Y439-like分支。此外,DT-767(H9N2)是一株跨大陆重组病毒,其PA基因位于北美分支,其他7个基因位于欧亚分支。其余8株病毒的基因都位于欧亚分支。从候鸟迁徙路线角度来看,本研究采集的病毒可能与中亚候鸟迁徙路线和黑海/地中海迁徙路线上的病毒具有一定程度的基因交流。