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海洋浮游纤毛虫是一大类单细胞原生动物,其体型微小,种类繁多,是微型浮游生物群落的重要组成部分。在海洋生态系统中,浮游纤毛虫是连接微食物环和经典食物链的中间纽带,具有十分重要的生态学作用。目前,在海洋生态系统中,细菌、真菌、微型浮游植物与水团的关系已有若干研究,针对纤毛虫生态分布受水团影响的研究较少。此外,目前纤毛虫生态学研究多以季节、年际为观测尺度来追踪纤毛虫的群落变化,针对短时间序列,如昼夜尺度上,纤毛虫群落演替规律,尚存较大研究空白。针对以上研究空白,本研究聚焦于具有着复杂流系的台湾海峡,以浮游纤毛虫作为研究对象,基于rDNA、rRNA高通量测序方法,研究海峡内浮游纤毛虫群落组成、多样性与空间分布模式,以期揭示海峡内不同水团对纤毛虫群落结构和多样性的影响;此外,本工作以海峡内陆架和陆坡两个不同区域做为定点观测站位,进行了为期72 h连续观测,以期揭示短时间序列内纤毛虫多样性和群落结构的变动规律。本工作得到结果如下:(1)纤毛虫群落由11个纲组成,分别为旋毛纲(Spirotrichea)、叶咽纲(Phyllopharyngea)、寡膜纲(Oligohymenophorea)、肾形纲(Colpodea)、侧口纲(Litostomatea)、前口纲(Prostomatea)、异毛纲(Heterotrichea)、Ciliophora-5、Ciliophora-6、Ciliophora-7 和 Ciliophora-10 组成。其中,旋毛纲纤毛虫为最优势类群,其次是叶咽纲,所占比例为18.49%,寡膜纲和肾形纲所占比例稍低,分别为9.91%、7.93%,异毛纲等所占比例较少,均小于1%。(2)不同水团间纤毛虫alpha多样性存在差异,其中冲淡水和外海水中纤毛虫多样性较高,上升流区域内纤毛虫多样性最低。在海区内纤毛虫多样性呈现近岸低、远岸高的分布模式。进一步相关分析表明,纤毛虫多样性与所有环境因子均无相关性。(3)纤毛虫在海峡内分布模式受水团影响显著,且此影响会明显减弱环境因子对总群落变异的解释度,表明相较于环境因子,水团运动对纤毛虫群落结构的影响明显较强。在各个水团内部,环境因子对群落变动的解释度较高,且不同水团内,调控纤毛虫群落结构的环境因子不同。(4)在陆架(C6)和陆坡(C9)定点观测中,C6与C9的纤毛虫alpha多样性和群落组成均存在显著差异。C9站多样性高,C6站多样性低。纤毛虫群落由旋毛纲、叶咽纲、肾形纲、寡膜纲、侧口纲、前口纲、异毛纲、Ciliophora-5、Ciliophora-7、Ciliophora-10、Ciliophora-X 等 11 纲组成,其中 C6 站旋毛纲纤毛虫是优势类群,比例为55.07%,其次是叶咽纲,所占比例为26.57%,肾形纲、寡膜纲、侧口纲的相对丰度较低,分别为11.89%、3.57%、2.17%;C9站旋毛纲纤毛虫比例下降到40.19%,叶咽纲、肾形纲和寡膜纲三类整体比C6站增加了 14.03%。(5)C6站位纤毛虫群落分为明显两簇,3 pm与20 μm,表明粒径为陆架区纤毛虫群落结构变动的主要影响因素;C9站位纤毛虫群落有明显的深度分布模式,真光层(小于100m)和弱光层(500m)纤毛虫群落结构具有显著差异(ANOSIM,R=0.239,p=0.009)。进一步相关分析表明,C6站C9站纤毛虫群落主要受微型鞭毛虫和细菌等食物的上行控制。(6)针对3 μm纤毛虫进行rDNA、rRNA共测序,结果显示rDNA、rRNA群落各自聚成一组,明显分离。旋毛纲在rDNA测序的样品中占据绝对主导地位,在rRNA样品中则大幅度降低,推测与旋毛纲具有较高的rDNA拷贝数有关。进一步统计分析表明,两者群落结构具有显著差异(ANOSIM,R=0.6852,p=0.001)。以rRNA:rDNA的比值代表纤毛虫生物代谢活性,分析显示其在站内不同水深、不同时间节点及站间均不存在显著差异,表明纤毛虫活性在短时间尺度、陆架—陆坡空间梯度上无明显变动。