心学与理学的分歧，是从朱熹和陆九渊的争辩开始的，此后成为数百年争论不休的大问题。我们首先简要分析了心学和理学两派争论的要点，将其分歧归结为主要是本体论的不同。理学以“理”为本体，分心与理为二，实则取消了心的独立地位，而只承认理和物的实体性。他们认为，物是与心无关的客观的存在，这必然导致最终“心”不能获得有效的解释，而把心(人)也归结为与物等同的存在。心学则以“心”为本体，指出物不是存在于心外的，物是由心之本体构建而成的，是则物即是事。事是由心所建构的意义世界。然而心学由于取消了物的独立性，则有容易否定物的倾向，使本体论只是停留在本体论，不能进而开展为形而上学。心学和理学的争论，一直延续到现代。现代无论是新理学还是新心学，都意识到两派的分歧，都企图去调和两派的分歧，实则只是以自己学派的立场去统合对方。新理学如冯友兰，便是取消心学的根本问题，以理学代心学。新心学如熊十力，则是站在心学的立场上统合理学。马一浮哲学中，心学和理学的成分都有。在心学方面，他以“心外无物”建立本体论，明确物是由心建构起来的事的世界，又以“心外无理”对本体论进行分析，指出本体的性质，本体便是理。知行合一是心学的存在论命题。王阳明所说的知行合一，有以知为行的倾向。马一浮把“知行合一”的命题延伸为“知能合一”，“能”含有功用的意思，要求“知”发生功用，这就对知行合一有所纠偏补充的意义。在理学方面，马一浮以“心外无物”的本体论为基础，对理学所讨论的问题进行了重新解释，使之成为一种新的形而上学，而与理学传统的形而上学不同了。马一浮以“体用一原”作为理气论的基本结构，以心为本体，从而取消了理和气的实体性质，而提出了“理气合一”这样一个形而上学的命题。王国维的《论性》是我们在现代讨论人性论的起点。马一浮以佛学的“一心开二门”为理论结构，以体悟为根本保证，对“心统性情”进行了重新解释，为性善论进行了形而上学论证，指出恶是依本体妄起的，与本体不相应，因此恶没有体性。由此而明确了气质和情、才三者与性的关系，都是体用关系，气质和情、才的所谓的恶都是没有体性的。在功夫论方面，马一浮以本体论和形而上学为理论基础，综合理学和心学功夫论，又借鉴佛学的修养论，提出了涵养与致知并重的功夫论。涵养就是居敬，是止息妄心，复见本体的功夫，与天台宗的“止观”可以互相发明。致知便是穷理，是对本体的一种证会，不是知解的了解，需要靠证悟来完成。马一浮以证悟所见的性来作为接合心学与理学分歧的关键点。不管是本体论，还是形而上学，都是建立在证悟的基础上的。证悟也就是马一浮所说的“建极”。本体需要靠证悟来证明，形而上学需要靠证悟来解释。证悟本体之后，人便成为圣人，圣人之心便是天理，唯有圣人才能对文化制度进行损益，因此说圣人是文化的根源。而圣人在进行判断时，又是超越一切思虑名言的。马一浮与梁漱溟、熊十力三人对证道成圣的明确肯定，是现代新儒家哲学展开理论的前提。