海关保税业务在我国已经有一百二十余年的发展历史。从1880年萌芽至今，其内涵和地位也发生了重大变化。在保税业务迅猛发展的过程中，也出现了很多的问题，利用海关保税业务走私的现象屡禁不止，海关保税业务审计应运而生。 由于海关保税业务审计研究基本处于起步阶段，资料较少，虽然有人提海关保税业务审计的主要内容、审计重点等，但没有人对海关保税业务审计理论作过系统的归纳。本文主要通过阅览大量的文献、报刊、杂志，在理解审计理论和保税业务内涵的基础上，利用自己的微薄知识，试图建立一套比较完善的海关保税业务审计理论与方法体系，为建立海关保税业务审计提供理论指导。 海关保税业务包括保税加工和保税物流。海关保税业务主要是以纸质手册为载体的以合同为单元的管理，电子E账册和电子联网已逐步推开。海关在保税业务监管过程中主要承担着保税审批、保税进出境通关、加工贸易银行保证金台帐制度、保税核查、保税核销等职能。保税业务内部监督控制体系的存在，保证了海关依法行政，为企业界和贸易界在进出口环节创造最大的公共利益。 本文试以审计环境导向型理论体系、公共受托经济责任理论和新公共管理理论为基础，构建海关保税业务的审计体系。按照审计的主体性质和审计的目的不同，把海关保税业务审计划分为海关保税稽查、海关保税业务内部审计、海关保税业务效益审计三种类型。 笔者在提出三种类型海关保税业务审计概念的基础上，分别归纳和总结了三种类型的海关保税业务审计的法律依据，并进一步探讨了三种类型海关保税业务审计不同的职能。 在介绍了海关保税业务和从理论上探讨了海关保税业务审计以后，本文以案例分析的形式说明了海关保税业务审计理论在具体审计中的应用。通过具体的案件分析，说明海关保税业务审计在实务如何运用，并归纳了成功的经验。 最后，笔者对如何完善海关保税业务审计提出了几点构思。 一是完善立法体系，建立健全海关保税业务审计的法律、法规依据。 二是创新多种手段，提高审计效果。在海关保税业务审计具体操作过程中，应多方收集信息，熟悉政策，认真搞好审前培训和调查，制定周密审计实施方案，精心做好审计前准备工作；坚持“双向延伸”，充分取证，对发现的问题要一查到底；注重规律，讲究方法，科学确定延伸调查企业，提高审计效果。 三是依托外部力量，变单一审计为全方位审计。建立审计举报制度和审计公告制度，在审计进点前摸清情况；加强与相关单位及部门之间的数据核对；充分利用计算机技术，提高审计自动化水平。 四是借助海关力量，拓宽审计平台。包括：加强与海关监察部门的关系，运用海关内部审计的成果进行审计，进一步完善内部审计机制，为海关保税业务效益审计提供方便；构建海关内部长效内部控制机制，通过领导管理控制、计算机智能监控、督察督办以及量化评估，对保税业务依法行政和内部管理水平进行量化测评；分析内部控制风险管理指标体系，对海关保税业务面临的各类风险进行识别、分析、响应和监控，形成综合性的风险应对战略。