胡锦涛同志从国家战略高度对协同创新提出新的要求后，高校、科研院所、行业企业、政府以及社会各界积极响应，开展了不同层次、不同形式的协同创新活动。目前，我国行业特色型高校协同创新处于起步阶段，在主体的选择、系统结构、利益分配与风险管理以及反馈与控制等方面存在问题，这些都属于机制的范畴。本文针对这些问题，根据系统论的观点，采用定性分析与定量分析相结合、理论研究与实证分析相结合等的研究方法，重点研究了行业特色型高校协同创新机制三个方面的内容，即:模式的设计与选择，利益分配与风险管理研究和协同能力评价研究。对这些内容展开研究能够更好地处理行业特色型高校协同创新运行中各组织间的相互影响、制约关系，使之互动有序，达到协同状态，实现协同创新目标，对于增强我国创新能力和提高我国综合竞争力具有重要意义。