高等生物基因组能够被广泛转录并产生数以万计的RNA,将其中长度大于200个核苷酸并且不能翻译成蛋白的部分称为长非编码RNA（lncRNA）。LncRNA可以通过与多种分子相互作用来调节基因表达。虽然在动物中对lncRNA的功能研究已取得重大进展,但植物lncRNA的研究目前仍处于起步阶段,功能尚不清楚。花色不但是植物最重要的观赏性状而且还是影响吸引昆虫传粉等过程的重要环节。因此,解析调控花色形成的lncRNA意义重大。全基因组范围内鉴定lncRNA是研究其功能的基础,但是牵牛lncRNA系统的分析还未见报道。本研究利用链特异性RNA-Seq测序测定了牵牛红花与白花样品,并联合共用数据库中牵牛转录组学数据鉴定了牵牛lncRNA,重点研究了其红花和白花中m RNA和lncRNA组织特异性和差异性表达,初步揭示了lncRNA调控牵牛花色形成的潜在机制,主要结论如下:（1）牵牛基因组中lncRNA的鉴定及其特征分析。根据表达丰度、转录本长度以及蛋白编码潜能,采用严格的筛选标准在牵牛全基因组范围内鉴定到11,203条潜在lncRNA,为了深度挖掘这些lncRNA的功能,我们根据在基因组上与蛋白编码基因的相对位置关系将其分为6类,并分别与水稻、拟南芥和动物lncRNA特征进行比较,发现牵牛lncRNA与其他物种有一定的相似性,但在某些特征上存在显著不同。（2）在牵牛花色形成的转录调控中,lncRNA对m RNA的作用机制分析。对白花和红花中基因表达谱进行差异分析,共得到8,409个差异表达m RNA,包括4,313个在红花中上调的转录本和4,095个在白花中上调的转录本。结果表明,差异m RNA在花中表现出强烈的组织特异性,并显著富集在光合、生长素信号转导、类黄酮生物合成途径。同时,在鉴定到的1,141条差异表达lncRNA中,Cis和Trans作用上调控的m RNA数目分别为515、14,400。更进一步地,我们发现靶基因m RNA功能主要与光合作用、植物激素信号转导以及离子转运途径相关。以上结果表明,依赖lncRNA调控地m RNA主要通过光合作用、植物激素对牵牛花色进行调控,然而类黄酮合成途径并不依赖lncRNA调控机制。（3）花色形成过程中,LncRNA对下游基因的作用方式预测分析。LncRNA对编码基因的调控方式主要有三种形式,结合以上结果我们发现,位于编码基因反义链内含子区的lncRNA STRG.13228.2可能通过顺式作用调控编码NHX1的基因INIL10g13210的翻译水平来改变NHX1蛋白含量,导致液泡中p H变化,进而改变花色;在反式作用上,位于基因间区的lncRNA rna1878和rna50469能够调控编码类囊体形成蛋白1（THF1）的基因INIL03g17746在红花中高表达,而该基因具有转录因子YABBY和MYC的结合位点,同时YABBY能够参与JA介导的花色苷形成与叶绿体丢失过程,因此推测牵牛中lncRNA通过反式作用和YABBY共同调控THF1表达,影响类囊体发育,导致电子传递链上的光复合体发生异常,进而影响花色苷积累。此外,预测了几个lncRNA在转录后能够与含有SBP结构域的m RNA竞争性结合mi RNA157a、mi RNA157b、mi RNA166和mi RNA167的ce RNA网络,通过影响SBP甲基化来改变植物花色。综上所述,通过对牵牛lncRNA的鉴定与分析,本文揭示了lncRNA参与调控牵牛花色形成的机制,这一结果为之后牵牛lncRNA的功能研究提供理论基础和研究思路。