《周秦两汉书经考》主要研究先秦两汉《尚书》文本演变与文句释义。论文分为文献综述、分篇考释、专题研究三个部分：文献综述部分。首先由清代至民国的《尚书》研究专著中总结《尚书》研究的得失经验,形成贯穿全书的研究方法。其次总结《尚书》写定、流传过程中11个方面的基础文献,讨论了这11个方面的研究进展和亟待解决的问题。分别为：(1)汉代今文《尚书》伏生欧阳大小夏侯本；(2)汉代古文《尚书》；(3)汉代今古文《书序》；(4)《说文解字》引《尚书》(5)马融郑玄王肃本；(6)熹平石经；(7)正始石经；(8)敦煌写本《书古文传》；(9)北宋开宝之前的《经典释文》；(10)《书疏》与开成石经；(11)《汗简》舆《书古文训》分篇考释部分。总结了先秦两汉今古文《尚书》所共有的28篇之可考异文,以传世文献、出土文献(包括金文、简牍、碑刻、写本四方面)相结合的方式对28篇进行历史、篇句、文字的重新阐释。并将先秦两汉诸书所引《尚书》佚文尽量归入百篇之中。并以《尚书》文本为核心,力图解决文献综述部分所提出的11个方面的疑难问题。专题研究部分。从文献综述部分所提出的11个方面的文献出发,对涉及《尚书》写定、流传过程中存在长期误解或聚讼纷纭的问题作出论证。分别为：先秦出土金文简牍与《尚书》互证问题；西汉时期《史记》所载《尚书》的学派归属问题,引申讨论西汉《尚书》的传习情况。东汉《说文》载《尚书》的诸本兼收问题,引申讨论东汉今古文《尚书》的基本面貌；汉代碑刻所见《尚书》说,并讨论东汉通行本《尚书》与学官本的关系；东汉末期今文《尚书》定本熹平石经《尚书》部分行数推定及复原问题；从敦煌写本《经典释文》及隶古《尚书传》,讨论其“古文”来源,及其与正始石经的不同性质,兼及北宋《经典释文》、《古文尚书》的修订工作；清代《尚书》研究中存在的方法问题。