沙门氏菌是一种重要的食源性致病菌,可污染家禽,鸡蛋和乳制品等动物源食品。沙门氏菌可产生肠毒素、毒力蛋白等毒力因子,从而导致机体出现多种病发症。当前,由于抗菌药物在人类和动物疾病防治中的大量使用,使得沙门氏菌对抗菌药物的耐药谱迅速扩增,继而导致细菌出现多重耐药现象,这极大地增加了沙门氏菌的防治难度。近年来研究表明,细菌耐药性的出现不仅与菌株长期接触环境中多种抗菌药物的选择性压力以及耐药基因通过可移动元件进行广泛传播有关,还可能与其毒力因子之间存在一定关系。因此,本文以实验室从食品中分离的沙门氏菌为研究对象,研究其流行病学和耐药性特征、毒力基因和耐药基因携带状况。综合以上实验结果的分析,选取代表菌株进行全基因组测序,筛查耐药基因和耐药质粒,并分析菌株耐药表型与耐药基因之间的关系。旨在为食源性沙门氏菌流行病学、毒力基因分布、耐药机制等相关研究提供理论基础和数据支持。本文以实验室从食品分离得到的120株沙门氏菌为研究对象,采用K-B药敏纸片法检测120株沙门氏菌对氨苄西林,阿莫西林,头孢噻肟,头孢曲松,氯霉素等15种抗生素的敏感性。结果表明沙门氏菌耐药状况普遍,对多西环素耐药情况最严重,耐药率达80%,对头孢他啶耐药最为敏感,耐药率仅为3.3%,对3种及以上抗生素耐药的多重耐药菌株达到78.3%。根据以上药敏实验结果,从中选取28株沙门氏菌,采用PCR方法检测5种不同的沙门氏菌特征耐药基因(分别为氯霉素类、β-内酰胺类、磺胺类、氨基糖苷类和四环素类耐药基因blaTEM-1、sul-Ⅱ、strB、floR、tetA)。结果显示,28株沙门氏菌blaTEM-1基因检出率最高(39.3%),sal-Ⅱ基因检出率最低,仅为17.9%。氨基糖苷类耐药基因和耐药表型符合程度最高(85.7%),磺胺类耐药基因和耐药表型符合率最低,为67.9%。鉴于以上耐药表型及耐药基因检出的结果,选取了 18株代表性沙门氏菌进行血清型鉴定,其中,有4株血清型未定,共检出4种血清型。布利丹沙门氏菌为主要血清型(10株,检出率为55.6%),肯塔基沙门氏菌检出2株,检出率为11.1%,纽波特沙门氏菌和汤卜逊沙门氏菌各检出1株,其检出率均为5.6%。对于血清型未定的1 16编号菌株,采用MLST分子分型重新分型,ST型为ST236,血清型为阿雷查瓦莱塔(Arechavaleta)。将这18株沙门氏菌进行PCR扩增,鉴定毒力岛基因sseL、hilA、mgtC、肠毒素(stn)、侵袭蛋白(invA)。结果显示,5个毒力因子的检出率全部为100%。从中选取5株菌,采用反转录实时荧光定量PCR检测5种毒力基因表达水平,结果显示测试菌株中mgtC毒力基因的表达水平均显著高于标株沙门氏菌ATCC14028(P<0.05)。菌株045的hilA、seeL、mgtC、invA基因表达水平均显著大于对照株ATCC14028。这表明食源性沙门氏菌部分分离株具有高毒力和潜在的高致病性。综合以上结果,从120株沙门氏菌中选取4株沙门氏菌做全基因组测序分析,从基因组测序的结果中显示,耐药表型和耐药基因型基本相符,但沙门氏菌编码DNA促旋酶和拓扑异构酶Ⅳ的相关基因gyrA、gyrB、parC、parE呈现了点突变。本研究发现,测序菌株gyrA基因p.S83F和p.D87N位点有已知点突变;parC基因p.T57S、p.S80I、p.T57S位点有已知点突变;parC基因未知的点突变有3个,分别位于p.T255S、p.E292K、p.V657I。本研究中发现的parC基因未知的点突变是否会造成沙门氏菌对氟喹诺酮类抗生素耐药还有待进一步实验进行证实。4株测序菌株一共发现15个细菌质粒,其中62号菌株有一个耐药质粒,其位置位于第46个scaffold上,质粒上含有链霉素耐药基因aadA和林可酰胺类耐药基因lnuB_F。4号菌株有两个耐药质粒,分别位于第33个scaffold和第40个scaffold上,位于第33个scaffold上的质粒含有氯霉素耐药基因cmlA和磺胺类耐药基因sul1,位于第44个scaffold上的质粒含有磺胺类耐药基因sul3,其余质粒均为细菌质粒。本研究对不同来源不同样本宿主的沙门氏菌进行了血清分型,MLST分子分型,耐药性分析和毒力基因,揭示沙门氏菌在不同样本来源,不同宿主来源的分布情况,流行病学特征,为预警和控制沙门氏菌爆发提供依据。