本文以线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)基因部分序列(914bp)为分子标记,重建了我国23种主要鹤形目鸟类的分子系统发生。研究结果表明鹤形目为多系发生。特别是属于鹤形目的黄脚三趾鹑表现出与鸻形目鸟类更为接近的亲缘关系。本研究也肯定了水雉属于鸻形目鸟类。在属水平分类上,秧鸡科中的苦恶鸟属的分类地位与传统形态学分类有所差异,表现为红脚苦恶鸟的亲缘关系与田鸡属更近,而白胸苦恶鸟亲缘关系与董鸡属更近。另外,骨顶属与黑水鸡属亲缘关系比较接近。另一方面,本研究以线粒体控制区部分序列(612bp)为分子标记,对我国的红胸田鸡的种群遗传变异以及种群遗传结构进行了研究。通过来自于福安、瑞金、长汀、邵阳、永州、柳州、连云港、襄樊、黄梅、彭泽、蚌埠等11个地理种群的72个样本进行分析,结果表明共有22个单倍型,其中2号单倍型的分布频率最高,是大多数红胸田鸡种群的共享单倍型。除永州种群之外其它种群均存独特的稀有单倍型。整个红胸田鸡的种群遗传多样性较低(Fst=0.07378,P-value=0.06549),但福安种群的遗传多样性比较高O。AMOVA分析结果表明,红胸田鸡种群的差异性主要来自种群内(占92.62%),而种群之间差异极小(占7.38%)。中性检验与Mismatch分析结果表明福安,瑞金,长汀种群历史上发生扩张。Mismatch分析结果表明红胸田鸡种群在历史上发生过明显扩张,扩张时间在更新世晚期。通过Mantel test检验分析种群遗传距离与地理距离的关系,结果表明各种群之间的遗传距离与地理距离之间的相关性不明显(R=0.1515,P=0.2280)。