随着世界经济高速发展,科技创新成为增强各国国际竞争力的主导因素。目前,我国正面临经济增速放缓,结构性严重失衡等问题,因而基于转变经济发展方式、调整产业结构的供给侧结构性改革显得尤为重要。自主创新活动对促进我国实施供给侧改革起到关键性作用。企业作为我国自主创新发展的中坚力量,离不开政府的大力支持。税收政策作为政府宏观调控的重要手段,在优化国家创新资源合理配置、激励企业自主创新等方面一直发挥着重要作用。经创新型发达国家实践证明,高效、系统的税收激励政策才能更好地促进企业长久发展。近年来,我国政府出台了一系列激励企业自主创新的税收政策,激励力度逐年加大,但仍存在不少问题。因此,系统的探讨创新税收激励作用机理以及政策缺失,全面、深入的评价税收优惠政策的激励效应,对加快我国建设创新型国家具有重大意义。基于这一背景,本文在大量学者研究的基础上,从理论出发,着重分析了税收激励企业自主创新的理论依据和作用机理,并对我国企业自主创新活动不同阶段的现行税收激励政策进行了梳理,通过借鉴其他创新国家成功经验,发现差距与不足。同时,本文以创业板上市公司为样本,对不同的税收优惠政策激励企业创新所产生的现实效应和中长期效应进行了实证研究。实证结果表明,所得税和流转税税收优惠政策对创新企业的现实和长期发展均有不同程度的激励效应,因此,有必要不断优化我国的创新税收优惠政策,以更好的促进创新企业的发展,提高我国的自主创新能力。最后,本文依据实证分析结果和国际经验,对我国企业自主创新税收激励政策体系的构建提出了相关建议。